Јака Клобучар је почео да се бави кошарком у Крки. Из Крке je 2005. године прешао у Слован. После три године проведене у Словану прелази у љубљанскуОлимпију. Са Олимпијом је освојио једно првенство Словеније (2009), два купа (2009 и 2010) и један суперкуп (2010).
Клобучар је у јулу 2010. године потписао трогодишњи уговор са Партизаном.[1] Међутим, већ у марту 2011. је раскинуо уговор са црно-белима и вратио се у Олимпију,[2] где је играо до краја сезоне. Ипак, због неисплаћених зарада остао је у спору са Партизаном, па је цео случај завршио на арбитражи у БАТ, која је пресудила у његову корист.[3]
Након Олимпије је потписао са Крком, али је после само пар мечева отишао у италијанског друголигаша Остуни, где је играо до краја сезоне 2011/12. Од 2012. до 2014. године је поново наступао за Крку. Сезону 2014/15. провео је у немачком Ратиофарм Улму.[4] Од 2015. до 2018. године је играо за Истанбул ББ. У сезони 2018/19. је био играч Галатасараја.