Године 1752. Софроније је дао оставку и преселио се у Цариград. Године 1766. понуђено му је да преузме трон антиохијског патријарха, али је Софроније то одбио.
У то време фрањевци су поново покушали, уз подршку дипломата католичких сила, да окрену турске власти против православних и поврате светиње које су раније пренете Јерусалимској православној цркви. Међутим, митрополит Птолемејски Софроније, који је тада био патријаршијски намесник, успео је да придобије шеик-ул-ислама, шефа османског правосудног система, а ферман султана Мустафе III потврдио је привилегије православних.
Године 1771. изабран је за патријарха јерусалимског под именом Софроније V.
24. децембра 1774. године премештен је на катедру васељенског патријарха цариградског и тамо је служио до смрти под именом Софроније II.
Патријарх је био добро образован, водио је аскетски начин живота, а за послове патријаршије се највише интересовао у области економије[2].
Преминуо 19. октобра 1780. године. Сахрањен је у дворишту цркве Асоматон (Арханђела) у Великој Сили (садашње село Арнавуткои у предграђу Истанбула)[3].