До 1830. године у Зајечару није постојао никакав православни храм, да би исте године, уз дозволу турског старешине Ферад-аге, била подигнута црквица, најнужније опремљена за службу Божију. Обилазећи Зајечар у лето 1833. године, кнез Милош је запазио да је у овом крају верски живот „запуштен“, те је, ценећи значај и улогу Цркве у овим крајевима, одлучио да се оснује нова, тимочка епархија и да се у Зајечару подигне нова престона црква.
Градња цркве Рождества Пресвете Богородице почела је у пролеће 1834. године, уз свесрдну подршку кнеза Милоша, који је телима власти наредио да обезбеде све услове за хитну градњу цркве (људе, материјал и остало). Октобра 1834. године градња је била завршена, а њено освећење обављено 23. децембра1834. године. У потоњим временима црква је више пута оправљана и дограђивана.
Одвојено од цркве, одмах поред ње, изграђен је висок звоник. На њему је пет звона, изливених у Крагујевцу1899. године Четири звона су поклон града Зајечара, а једно зајечарског трговца Јоте Пашића.
Старешина храма је протојереј Зоран Голубовић. Поред њега свештенство храма тренутно чине протојереј мр Игор Ивковић, архијерејски намесник зајечарски, протојереј Томислав Станковић, протонамесник Марко Радосављевић, протонамесник Марко Пајчин, протонамесник Драган Блинџов и ђакон Урош Памучар. Као сабрат храма води се и војни свештеник јереј Срђан Васиљковић.