Професионалну каријеру започео је у сезони 2000/01. у атинском АЕК-у у коме се задржао све до 2005. године. Изабран је за најбољег младог играча грчког првенства 2001. Са АЕК-ом је освојио једну титулу победника купа (2001) и првака државе (2002).
Године 2005. преселио се у италијанскиБенетон и тамо је провео две сезоне. Списку освојених трофеја у првој сезони боравка тамо придодао је по једно италијанско првенство и суперкуп, а у другој и куп.
Године 2009. се вратио у Италију, али је овога пута обукао дрес Монтепаскија из Сијене и тамо остао пуне три сезоне. У овом периоду Монтепаски је био доминантнан клуб у италијанској кошарци, тако да је Зисис са њима покупио све националне трофеје.
Сезону 2012/13. провео је у шпанскомБилбау. У јулу 2013. потписао је за рускиУНИКС са којим је освојио Куп Русије за 2014. годину. Крајем децембра 2014. потписао је уговор са Фенербахче Улкером и са њима је провео остатак сезоне. У јулу 2015. је постао члан немачког Брозе Бамберга где је провео наредне четири сезоне. Сезону 2019/20. је провео у Хувентуду. Последњи ангажман је имао у матичном АЕК-у након чега је у јуну 2021. објавио да завршава играчку каријеру.
Зисис има изузетно успешну каријеру са репрезентацијом Грчке. У млађим категоријама је дошао до три медаље на Европским првенствима - сребра са кадетима1999, бронзе са јуниорима 2000. и злата са селекцијом до 20 година 2002, а поред тога освојио је сребрну медаљу на Медитеранским играма 2001. године. Са сениорима је постигао највећи могући успех у континенталној конкуренцији освајањем Европског првенства 2005. у Србији, а те године ФИБА га је прогласила и најбољим младим играчем Европе. И на Евробаскету 2009. је узео медаљу - овога пута бронзану. На Светском првенству 2006. био је део тима који је стигао до сребра, што је и највећи успех грчког националног тима у историји овог такмичења.
.jpg)
