Клуб је основан 1966. као КК Скопље, а тек касније је променио име у МЗТ. Почеци су били скоро аматерски, са тренинзима на отвореним теренима и без озбиљних амбиција. Клуб је постао нешто озбиљнији након изградње спортске хале Аутокоманда, омогућено покровитељством Металског завода Тито или скраћено МЗТ. Касније због спонзорства ове компаније, клуб је преименован у МЗТ, које користи и данас. У неколико наврата клуб је успео да се наметне као озбиљан спортски колектив. Средином 1980-их у новоизграђеном насељу Јане Сандански, спонзор МЗТ је изградио спортску халу и због тога клуб се из Аутокоманде преселио у насеље Јане Сандански.
Средином 1980-их под диригентском палицом тренера Лазара Лечића клуб је ушао у Прву савезну лигу Југославије, најјачу лигу у Европи тада, и одиграо сезоне 1986/87. и 1987/88. у њој, играјући незаборавне утакмице са Партизаном, Цибоном, Југопластиком, једним од најбољих европских кошаркашких клубова у то време.
Након стицања независности Македоније, МЗТ је постао значајан фактор у македонској кошарци. Клуб је од тада освојио четири титуле у националном првенству седам Купова Македоније и један Суперкуп.
У сезони 2012/13. клуб је по први пут учествовао у Јадранској лиги и заузео је седмо место.
