Рођен је у свештеничкој породици у селу Клиновац у близини манастира Свети Прохор Пчињски. Из његове породице је потицало осам свештеника и један владика. Његов отац свештеник Величко је имао три сина Стојана, Стојилка и Атанаса. Стојан и Стоилко су били свештеници.[1].
Био је ожењен Јеленом Узуновић из села Буштрање. Са њом је имао два сина Јована и Милана. Рукополежен је за свештеника 1873. године у свом родном селу Клиновцу.[1]
У његовој кући се налазила једна од првих школа у овом крају. Године 1890. Владимир Карић је послао Давида Димитријевића као првог учитеља у овај крај. Пошто нико није смео да га прими из страха од Турака, примио га је свештеник Стојан. Учитељ Давид је код њега у кући остао три године.[1]
Након два дана од када се замонашио постаје и игуман манастира Светог Прохора Пчињског.[1]
Као игуман радио је на обнови старе оронуле манастирске цркве, која за време његовог службовања добија данашњи облик. Такође је изграђен нов конак под покровитељством краља Петра I Карађорђевића, познат као Краљев конак.[1]
Све до 1912. године манастир Светог Прохора Пчињског се налазио у Османском царству. Припадао је Косовском вилајету, Прешевској кази. У периоду када је Владимир постао игуман манастира отпочела се и Борба за Македонију, а манастир је био важан центар српског народа у тим крајевима. Већ 1902. године је основана Српска четничка организација, а 1903. године је избио неуспешан Илинденски устанак. Након пропасти устанка у манастир је дошла Турска војска која се ту задржала неко време, а игумана Владимира одвела у Прешево на испитивање. Након повратка у манастир игуман је наставио да помаже борце Српске акције у Македонији.[1]
Након битке на Челопеку игуман је четницима носио храну и помагао им да пређу границу и склоне се у Србију. [1]
У октобру 1912. године српска војска побеђује Турке. Када је ослобођен манастир игуман Владимир служи молебан за српску војску.[1]
Смрт
Након што су Бугари у октобру 1915. заузели манастир почела су злочини над српским становништвом. Из манастира су одвели игумана Владимира, јеромонаха Арсенија (Николића) и свештеника Јована (Марковића). Њих тројица су између 22-27. октобра одведени на планину Рујан и у близини села Лукарце мучени. Секли су их на комаде и још увек живе запалили. Бугарска власт није дозволила да се њихова тела покупе и сахране. Тек након дужег времена дозвољено је породици да их сахрани. Владимир је сахрањен поред цркве Светог Николе у Клиновцу.[1]
Након ослобођења 1918. године, на унутрашњој страни западног зида цркве осликан је лик Владимира Протића.[1]