Босна и Херцеговина је учествовала на Светском првенству у атлетици у дворани 1999. одржаном у Зеленој куполи у Маебашију од 5. до 7. марта. Репрезентацију Босне и Херцеговине, на њеном трећем учешћу на светским првенствима у дворани, представљао је као и на претходном један атлетичар, која се такмичио у скоку увис.
Представник Босне и Херцеговине није освојио ниједну медаљу, нити је оборио неки рекорд. Његов пласман на 9 место у финалу је најбољи пласман босанскохерцеговачких атлетичара на светским првенствима у дворани до тада.
