Родио се 17. фебруара1776. на Крфу од оца Антона, који cе крајем XIV вијека доселио из Копра заузимајући различите позиције у служби млетачке републике. Hа Универзитету у Падови завршивши курс из филозофије и медицине ступио је у дипломатску службу отаџбине. Године 1802, добио је задатак да обиђе многа Јонска острва, да се тамо уведу руски гарнизони и да се успостави цивилна администрација. Године 1803. је именован за министра иностраних послова Републике Јонских острва, a 1807. за начелника милиције.
Као Грк саосјећао је ca почетком револуције у Грчкој у марту 1832, већ као дипломата и каријериста није се усудио да делује енергично и остао је у служби. Hадајући се да ће развој догађаја зауставити Александра I да се сагласи са предлогом „понуђене мјере“ против Порте.Hа прољеће 1822. године, упркос снажним приговорима Јоаниса Каподистрие Александар I је прихватио предлог министра иностраних послова АустријеКлимента Метерника о одржавању конференције у Бечу по Источном питању. Преузимајући дужност од Адама Јежија Чарторијског, био је добро упућен у јак отпор на Балкану, имајући у виду да би даље усклађивање руских дипломатских корака са аустријском политиком имало негативне последице за грчке хришћане, Каподистријас је одлучио да се удаљи од ових дипломатских активности и не учествује у њиховој припреми и дискусијама о званичним извештајима. У част Каподистријаса у мају 1822. током приватне аудијенције код Александар I цар му је предложио „да се опорави“ на води. Остајући формално на својој дужности (пензионисан је 1827). Hаграђен је Орденом Ст. Владимир 1 степен. Раније, је већ награђен Орденом Светог Александра Невског. Два пута је одбијао предлог "Филики Хетерије“ и на крају се прихватио прихватио се улоге лидерства, помажући рад побуњеника не само новчано већ и посредовањем при европским дворовима.
Владар Грчке
Дана 11. априла1827. народнио сабрање у Трезена изабрало је грофа Ј. Каподистријаса за владара следећих седам година. После једне од највећих морских битака из XIX вијека, Наварински пораз (рус.Наваринское сражение) која је одржана од 8. октобра1827. у Наваринском заливу у Јонском мору код ПелопонезуГрчке је осигурала слободу.
Када су почели преговори између великих сила о избору краља Грчке, Каподистријас, у званичним и приватним писмима је инсистирао на томе да се мишљење затражи од представника изабраних на народним сабрањима. Син кнеза Тирингије, потпуковникРуске империје, Леополд I од Белгије коме су велике силе понудиле круну у очекивању формирања граница нове области краљевине Белгије одбио је понуђену круну краља Грчке.
Погибија
Међу непријатељима Каподистријаса које његове и политике, било је породица Петроc бега Мавромикалиса. Син и брат Петроc бега, Георги и Константин Мавромикалиса из Нафплиа. Под надзором полиције, напали cу Каподистријаса 9. октобра, 1831. и убили га. Константин Мавромикалис је ухваћен на мјесту од људи, а Георги је усјпео да се сакрије у кући француске мисије, али је предат и погубљен. Каподистријасова смрт је изазвала негодовање јавности. Гроф Каподистријас је првобитно сахрањен у првој престоници независне Грчке у Нафплију. Шест мјесеци касније његов брат Аугустин, сагласно Јоанисовом завјештању пренио је тијело у манастир Платитера, који је важио породични манастир Каподистријаса.
