Različica delta virusa SARS-CoV-2, imenovana tudi varianta delta, linija B.1.617.2 ali neustrezno indijska različica, je ena od virusnih različic SARS-CoV-2, povzročitelja covida 19.[1] Prvič so jo zaznali koncem leta 2020 v Indiji, z grško črko so jo poimenovali 31. maja 2021. Različica delta se je razširila po vsem svetu (do novembra 2022 so jo zaznali v več kot 179 državah).[2]
Med drugim vsebuje mutacije v genu, ki zapisuje konično beljakovino,[3] in sicer substitucije na mestih T478K, P681R in L452R,[4][5] ki vplivajo na kužnost virusa ter na občutljivost proti protitelesom proti predhodno krožečim virusnim različicam.[6] Velja za enega najbolj kužnih virusov nasploh.[7]
Različica delta je v Indiji povzročila drugi kovidni val, ki je bil več kot dvakrat večji od predhodnega vala jeseni 2020.[8]Svetovna zdravstvena organizacija je junija 2021 objavila, da je postala različica delta prevladujoča različica v svetovnem merilu.[2][9]
Kužnost različice delta je v primerjavi z divjim tipom virusa približno dvakrat večja. Krajši je tudi čas od same okužbe do dokaza virusa v organizmu.[10] Raziskava iz Kitajske je pokazala, da je pri bolniku, okuženem z različico delta, virusno breme 1200-krat večje kot pri divjem tipu.[11] Tveganje za hud potek bolezni, ki zahteva sprejem v bolnišnico, je pri različici delta dvakrat tolikšna kot pri okužbi z različico alfa.[12]
Cepljenje s protikovidnimi cepivi prepreči okužbo vsaj s 50-odstotno učinkovitostjo.[13] Tveganje za hud poteg bolezni in za smrtni izid je pri necepljenih vsaj desetkrat večje kot pri cepljenih.[14] S starostjo zaščita s cepivi upada.[15] Cepljene osebe lahko širijo okužbo v podobnem obsegu kot necepljene.[16]
Junija 2021 so se pojavila prva poročila o primerih okužb z različico delta, ki je vsebovala še dodatno mutacijo K417N.[17] Mutacija, ki jo sicer vsebujeta tudi različici beta in gama, je poskrbela za dodatno zaskrbljenost, zlasti glede zmanjšane učinkovitosti cepiv in zdravil s protitelesi ter zvečanega tveganja za ponovno okužbo že prebolelih oseb.[18] Za različico delta z dodatno mutacijo K417N se je začel uporabljati tudi izraz različica delta plus[19]
Mutacije
Mutacije aminokislin, ki jih zapisuje genom različice delta (prikazan je odsek virusnega genoma s poudarkom na genu za konično beljakovino (angl. spike).[20]
Mutacije v dednini različice delta virusa SARS-CoV-2
Virus različice delta (B.1.617.2) vsebuje v svoji dednini 13 mutacij (15 ali 17 po nekaterih druguh virih), ki povzročajo spremenjene aminokisline v beljakovinah, za katere nosi zapis.[23]
V genu za konično beljakovino vsebuje naslednje mutacije: 19R, (G142D), Δ156-157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N (po podatkih GVN)[24] oziroma T19R, G142D, del 156-157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R (po podatkih Genscripta).[25] Štiri med njimi so še posebej zaskrbljujoče in vse te se nahajajo v genu za konično beljakovino:
L452R (substitucija levcina z argininom na položaju 452) – povzroči večjo afiniteto konične beljakovine za receptor ACE2,[28] imunski sistem pa virus težje prepozna;[5][29]
P681R (substitucija prolina z argininom na položaju 681) – teoretično lahko poveča infektivnost virusa na celični ravni, in sicer s pospeševanjem cepitve prekurzorske beljakovine S v aktivno konfiguracijo S1/S2.[30]
V dednini linije B.1.617.2 mutacija E484Q ni prisotna.[30][31]
↑WHO (14. julij 2021). »WHO Director-General's opening remarks at the 8th meeting of the IHR Emergency Committee on COVID-19 – 14 July 2021« (v angleščini). who.int. The Delta variant is now in more than 111 countries and we expect it to soon be the dominant COVID-19 strain circulating worldwide, if it isn't already. The Delta variant is one of the main drivers of the current increase in transmission, fuelled by increased social mixing and mobility, and inconsistent use of proven public health and social measures. At the same time, we continue to see a shocking disparity in the global distribution of vaccines, and unequal access to life-saving tools.
↑Talha Khan Burki: Lifting of COVID-19 restrictions in the UK and the Delta variant. In: The Lancet. 12. Juli 2021, doi:10.1016/S2213-2600(21)00328-3 (online).
↑Hoffmann, Markus; Hofmann-Winkler, Heike; Krüger, Nadine; Kempf, Amy; Nehlmeier, Inga; Graichen, Luise; Arora, Prerna; Sidarovich, Anzhalika; Moldenhauer, Anna-Sophie; Winkler, Martin S.; Schulz, Sebastian; Jäck, Hans-Martin; Stankov, Metodi V.; Behrens, Georg M.N.; Pöhlmann, Stefan (Junij 2021). »SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination«. Cell Reports. 36 (3): 109415. doi:10.1016/j.celrep.2021.109415. ISSN2211-1247. PMC8238662. PMID34270919. Collectively, our study reveals that antibody evasion of B.1.617 may contribute to the rapid spread of this variant... ...The RBD of the B.1.617 S protein harbors two mutations associated with (L452R) or suspected (E484Q) of antibody evasion... ...Moreover, E484K present the B.1.351 and P.1 variants confers antibody resistance (Li et al., 2021) and one could speculate that exchange E484Q might have a similar effect.