Leta 1959 je John začel kazati očitne znake duševne bolezni (paranoidna shizofrenija) in tako posledično več let preživel v psihiatrični bolnišnici v New Jerseyju. Po letu 1970 se je njegovo stanje temeljito izboljšalo, kar mu je omogočilo nadaljevanje dela. Njegovo soočanje z boleznijo je postalo osnova za biografijo Čudoviti um, ki jo je napisala Sylvia Nasar. Po knjigi je bil posnet tudi istoimenski film, ki je prejel 4 oskarje.