Toto je zoznam chránených území v okrese České Budějovice aktuálny k januáru roku 2017, v ktorom sú uvedené chránené územia v oblasti okresu České Budějovice.

Kód	Obrázok	Názov	Druh	Galéria Commons	Popis územia	Súradnice
1386		Baba	Prírodná pamiatka		Zvyšky rastlinných spoločenstiev pôvodnej vegetácie, významné druhy entomofauny charakteristické pre zachovalé typy listnatých a zmiešaných lesov	49°04′30″S 14°27′10″V / 49,0751308°S 14,4527353°V / 49.0751308; 14.4527353
5865		Bedřichovský potok	Prírodná pamiatka		Ochrana živočíchov a rastlín viazaných na prostredie prirodzeného oligotrofného toku	48°45′12″S 14°42′42″V / 48,7532853°S 14,7118017°V / 48.7532853; 14.7118017
5649		Blana	Prírodná pamiatka			49°04′42″S 14°23′29″V / 49,0783333°S 14,3913889°V / 49.0783333; 14.3913889
31		Blanský les	Chránená krajinná oblasť			48°53′35″S 14°15′28″V / 48,8931197°S 14,2578306°V / 48.8931197; 14.2578306
1403		Brouskův mlýn	Národná prírodná rezervácia		Krajinársky hodnotné údolie Stropnice	48°52′47″S 14°41′04″V / 48,8797222°S 14,6844444°V / 48.8797222; 14.6844444
2465		Červené blato	Národná prírodná rezervácia		Rozsiahle rašelinisko s porastom blatky	48°51′26″S 14°48′32″V / 48,857222°S 14,808889°V / 48.857222; 14.808889
1395		Ďáblík	Prírodná pamiatka		Mokraď s bohatým výskytom diablika močiarneho	48°49′40″S 14°35′43″V / 48,8277967°S 14,5952817°V / 48.8277967; 14.5952817
1394		Děkanec	Prírodná pamiatka		Slatinná lúka s hojným výskytom vzácnej flóry	48°51′58″S 14°26′26″V / 48,8660842°S 14,4406194°V / 48.8660842; 14.4406194
1405		Dvořiště	Prírodná rezervácia		Zachovalé spoločenstvá rybničného litorálu, mokradí a rašelinisko	49°04′00″S 14°38′42″V / 49,0666667°S 14,645°V / 49.0666667; 14.645
1388		Hliníř	Prírodná pamiatka		Prechodové rašelinisko so vzácnou kvetenou na okraji rybníka	49°08′13″S 14°40′51″V / 49,1369406°S 14,6809508°V / 49.1369406; 14.6809508
5870		Hlubocké hráze	Prírodná pamiatka		Líniové prvky starých alejí a skupín stromov, ďalej porasty zámockého parku a na ne viazané biotopy zvlášť chránených alebo významných druhov živočíchov	49°02′35″S 14°26′02″V / 49,0430831°S 14,4338819°V / 49.0430831; 14.4338819
110		Hojná voda	Národná prírodná pamiatka		Okrem Žofínského pralesa česká najstaršia rezervácia (1838), bukojedľový prales	48°42′19″S 14°45′12″V / 48,7052778°S 14,7533333°V / 48.7052778; 14.7533333
1291		Horusická blata	Prírodná rezervácia		Polokultúrne lúky s významnou kvetenou a bohatou avifaunou	49°09′32″S 14°39′05″V / 49,1588889°S 14,6513889°V / 49.1588889; 14.6513889
1400		Kaliště	Prírodná pamiatka		Polokultúrna mokrá lúka s výskytom ohrozených druhov rastlín	48°57′29″S 14°35′23″V / 48,9580556°S 14,5897222°V / 48.9580556; 14.5897222
5871		Kameník	Prírodná pamiatka		Výskyt ohrozených druhov živočíchov a rastlín	49°05′31″S 14°26′16″V / 49,0918728°S 14,4377972°V / 49.0918728; 14.4377972
1802		Karvanice	Prírodná rezervácia		Komplex lipových a hrabových dúbrav a suťového lesa s bohatou avifaunou a entomofaunou	49°05′23″S 14°27′49″V / 49,0898333°S 14,4636389°V / 49.0898333; 14.4636389
1397		Lhota u Dynína	Prírodná pamiatka		Rašelinová lúka s typickou kvetenou	49°07′53″S 14°40′05″V / 49,1313889°S 14,6680556°V / 49.1313889; 14.6680556
1384		Libníč	Prírodná pamiatka		Lokalita črievičníka papučkového	49°01′13″S 14°33′31″V / 49,0202778°S 14,5586111°V / 49.0202778; 14.5586111
1385		Libochovka	Prírodná rezervácia		Bohatá lokalita perovníka pštrosieho	49°04′55″S 14°28′43″V / 49,0819444°S 14,4786111°V / 49.0819444; 14.4786111
5873		Lužnice	Prírodná pamiatka			49°16′28″S 14°26′03″V / 49,2743461°S 14,4342281°V / 49.2743461; 14.4342281
1391		Mokřiny u Vomáčků	Prírodná rezervácia		Vlhké lúky a mokrade s bohatou flórou a faunou	49°04′14″S 14°20′53″V / 49,0705556°S 14,3480556°V / 49.0705556; 14.3480556
1383		Ohrazení	Prírodná pamiatka		Vlhké lúky, lokalita horca plúcneho	48°56′53″S 14°35′50″V / 48,9480556°S 14,5972222°V / 48.9480556; 14.5972222
1396		Orty	Prírodná pamiatka		Zimovisko netopierov v starých banských chodbách	49°01′43″S 14°29′39″V / 49,0286111°S 14,4940556°V / 49.0286111; 14.4940556
602		Ostrolovský Újezd	Prírodná pamiatka		Lokalita bledule jarnej	48°53′01″S 14°35′26″V / 48,8836111°S 14,5905556°V / 48.8836111; 14.5905556
1404		Pašínovická louka	Prírodná pamiatka		Bohatá lokalita bledule jarnej	48°52′27″S 14°31′22″V / 48,8742619°S 14,5227908°V / 48.8742619; 14.5227908
1398		Přesličkový rybník	Prírodná pamiatka		Krajinársky atraktívne územie mokraďových spoločenstiev	48°46′14″S 14°48′12″V / 48,7705556°S 14,8033333°V / 48.7705556; 14.8033333
1390		Radomilická mokřina	Prírodná rezervácia		Mokrade s početnými druhmi chránených a ohrozených rastlín	49°07′44″S 14°15′36″V / 49,1288889°S 14,26°V / 49.1288889; 14.26
375		Ruda	Národná prírodná rezervácia		Rašelinisko s hojným výskytom rosičky okrúhlolistej	49°08′58″S 14°41′22″V / 49,149485°S 14,6893175°V / 49.149485; 14.6893175
1392		Ruda u Kojákovic	Prírodná rezervácia		Rybník s priľahlými lúkami, vtáčie hniezdisko	48°56′49″S 14°46′03″V / 48,9469444°S 14,7675°V / 48.9469444; 14.7675
5881		Sokolí hnízdo a bažantnice	Prírodná pamiatka			48°47′51″S 14°46′24″V / 48,7975811°S 14,7732297°V / 48.7975811; 14.7732297
444		Terčino údolí	Národná prírodná pamiatka		Parkovo upravená krajina z 18. storočia	48°47′04″S 14°45′42″V / 48,7844444°S 14,7616667°V / 48.7844444; 14.7616667
2232		Trpnouzské blato (zrušená)	Prírodná rezervácia		Unikátny komplex rašeliniska na miestach po bývalej ťažbe rašeliny so sukcesnými štádiami v rôznom stupni vývoja, nadväzujúci na NPR Žofinka, s ktorou tvorí rozsiahlu homogénnu oblasť rašelinísk pokrytých prevažne lesnými spoločenstvami s dominujúcou blatkou. Zrušená k 26. februáru 2014. Územie PR sa stalo súčasťou NPR Žofinka	48°50′03″S 14°52′51″V / 48,8341667°S 14,8808333°V / 48.8341667; 14.8808333
32		Třeboňsko	Chránená krajinná oblasť
454		Tůně u Špačků	Prírodná pamiatka		Tône s výskytom rezavky aloovitej	48°56′49″S 14°29′25″V / 48,9469444°S 14,4902778°V / 48.9469444; 14.4902778
486		V Rájích	Prírodná rezervácia		Slatina iba miestami zalesnená, lokalita rosičky okrúhlolistej	48°59′05″S 14°42′31″V / 48,9847222°S 14,7086111°V / 48.9847222; 14.7086111
1393		Velký a Malý Kamýk	Prírodná rezervácia		Fragment acidofilnej bučiny	49°13′58″S 14°17′49″V / 49,2328958°S 14,2970389°V / 49.2328958; 14.2970389
1401		Velký Karasín	Prírodná pamiatka		Rybník ornitologicky veľmi bohatý	49°02′41″S 14°16′42″V / 49,0447222°S 14,2783333°V / 49.0447222; 14.2783333
5884		Veveřský potok	Prírodná pamiatka		Vzácne a ohrozené druhy živočíchov, najmä kriticky ohrozenej mihule potočnej	48°45′31″S 14°47′35″V / 48,7585261°S 14,7929278°V / 48.7585261; 14.7929278
5890		Vltava u Blanského lesa	Prírodná pamiatka		Populácia vzácnych a ohrozených druhov rastlín a živočíchov	48°53′54″S 14°24′36″V / 48,8983161°S 14,4098656°V / 48.8983161; 14.4098656
603		Vrbenská tůň	Prírodná pamiatka		Lokalita rezavky aloovitej	49°00′56″S 14°26′34″V / 49,0155556°S 14,4427778°V / 49.0155556; 14.4427778
1389		Vrbenské rybníky	Prírodná rezervácia		Lokalita rezavky aloovitej	49°00′05″S 14°25′52″V / 49,0013889°S 14,4311111°V / 49.0013889; 14.4311111
1387		Vysoká Běta	Prírodná rezervácia		Suťový porast s hojným výskytom mesačnice trvácej	48°58′41″S 14°13′02″V / 48,9780556°S 14,2172222°V / 48.9780556; 14.2172222
1402		Zámek	Prírodná pamiatka		Rašelinové lúky s bohatou kvetenou	48°52′18″S 14°36′17″V / 48,8716667°S 14,6047222°V / 48.8716667; 14.6047222
1399		Žemlička	Prírodná pamiatka		Vlhká lúka s rašelinovou vegetáciou	48°53′29″S 14°41′20″V / 48,8913889°S 14,6888889°V / 48.8913889; 14.6888889
1074		Židova strouha	Prírodná pamiatka		Geomorfologicky významné priestorovo členité údolie kaňonovitého charakteru s fragmentami prirodzených reliktných bôrov na skalách, významnými lišajníkovými a machovými spoločenstvami s radom významných rastlinných a živočíšnych druhov.	49°16′21″S 14°28′03″V / 49,2724139°S 14,4676°V / 49.2724139; 14.4676
608		Žofinka	Národná prírodná rezervácia		Prirodzené lesné porasty, populácia vzácnych a ohrozených druhov rastlín	48°49′17″S 14°53′01″V / 48,8213222°S 14,8836028°V / 48.8213222; 14.8836028

• Dáta v tabuľke boli prevzaté z databázy AOPK ČR.
• Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Seznam chráněných území v okrese České Budějovice na českej Wikipédii.