Predmetom ochrany sú stepné a lesostepné svahy s bohatým výskytom osobitne chránených druhov rastlín a živočíchov. Chránené územie bolo úradne vyhlásené v roku 1987.
Základné údaje
Územie s názvom Velká Klajdovka je súčasťou južného svahu kopca Hády, ktorý bol už od 19. storočia jednou z najvýznamnejších lokalít záujmu a vedeckého štúdia teplomilnej fauny a flóry. Na rozlohe asi 10,5 ha sú tu zastúpené rozmanité spoločenstvá teplomilných dúbrav, krovín a lesných lemov, ktoré svojim druhovým zložením dopĺňajú úžasnú rozmanitosť živej prírody na celých Hádoch. Ešte v prvej polovici minulého storočia bola takmer celá plocha chráneného územia trávnatou planinou. Je preto až neuveriteľné, ako rýchlo aj tak suchý a slnečný južný svah zarástol hradbou krovín a stromov, takže nelesná vegetácia bola vytlačená len na menšie lúčky vnútri prírodnej pamiatky. Napriek tomu sa tu v hojnej miere dodnes zachovala hodnotná teplomilná vegetácia, o ktorú stojí za to sa starať. Rastie tu napríklad kozinec vičencovitý, oman mečolistý, horčinka väčšia, smldník jelení, vičenec piesočný, dúška panónska, jasenec biely, chondrila prútnatá, pyštek kručinkolistý, astra spišská, dub plstnatý, hrachor širokolistý, čiernohlávok veľkokvetý, čerešňa krovitá či plamienok priamy.
Veľkým bohatstvom teplomilných druhov prekypuje aj tunajšia fauna. V posledných rokoch sa tu opäť pravidelne objavuje užovka hladká a jašterica zelená, o ktorých sa predtým predpokladalo, že na Hádoch už vyhynula. V ílovitých sedimentoch v centrálnej časti územia má niekoľko nôr aj jazvec lesný.
Geologicky je Velká Klajdovka rozdelená na západnú časť, leží na vápencovom podloží a časť východnú, situovanú na kyslých horninách brnianskeho masívu. Hranica vyššie spomenutých geologických vrstiev však nie je v teréne jednoznačne zrejmá – aj vo východnej časti miestami vystupujú na povrch vápencové bloky, zatiaľ čo západná časť bola čiastočne upravená mocnými navážkami z lomových skrývok.