Ed Jovanovski sa stal v roku 1994 jednotkou draftu, vybral si ho klub Florida Panthers. Za skvelé výkony v drese Panthers dostal Calder Memorial Trophy pre najlepšieho nováčika ligy. Vo svojej prvej sezóne bol aj členom All Star Rookie Teamu (All Star tím nováčikov). Počas kariéry sa následne zúčastnil 5-krát All Star Game. V prvej sezóne v NHL nazbieral v 70 zápasoch 21 kanadských bodov a pripísal si 137 trestných minút. Pozíciu lídra zastával na Floride celkovo 4 roky. Panthers dokázal pomôcť v sezóne 1995/1996 až do finále Stanley Cupu, v ktorom podľahli Coloradu. Posledná sezóna v drese Floridy mu však príliš nevyšla, získal len 16 bodov.
Následne sa na 6 rokov upísal Vancouveru Cannuks, v ktorom obliekal dres s číslom 55. V sezónach 2000/2001, 2001/2002 a 2002/2003 nazbieral vždy viac ako 45 bodov. Po vypršaní zmluvy sa dohodol na zmluve s Phoenixom. V Phoenixe odohral najmä vynikajúcu sezónu 2007/2008, počas ktorej si do štatistík pripísal 12 gólov a 39 asistencií. Dokopy 51 bodov je jeho kariérnym maximom.
V lete 2011 sa stal neobmedzeným voľným hráčom a vrátil sa do Floridy. Za Floridu odohral v sezóne 2011/2012 66 zápasov s bilanciou 13 bodov. Celkovo v NHL nastúpil odohral 18 sezón, v ktorých odohral vyše 1000 zápasov.
