Narodil sa v Mníchove, v rodine historika Dr. Berndta Phillipp Baadera. Po tom, ako sa jeho otec nevrátil z frontu, vychovávala ho jeho stará mama, matka a teta. Štúdium na strednej škole v Mníchove nedokončil, príležitostne sa zapájal do menej závažnej kriminálnej činnosti, ako krádeže áut či falšovanie dokumentov. V r. 1963 odišiel do Západného Berlína, kde sa začal stále viac aktivizovať v rozrastajúcom sa študentskom ľavicovom hnutí.
Baader a jeho spoločníci sa začali následne aktívne pripravovať na organizovaný, ozbrojený boj proti kapitalistickému štátu. Baader s asi 20 súdruhmi odišiel v lete 1970 do vojenského výcvikového tábora hnutia Fatah v Jordánsku. Po návrate zorganizovali kvôli získaniu financií niekoľko bankových lúpeží a ich aktivita vyvrcholila sériou bombových útokov v máji 1972, ktoré si vyžiadali 4 mŕtvych a desiatky zranených. Po týchto akciách sa po členoch RAF, ktorú medzitým médiá začali označovať ako Gang Baader-Meinhofová, rozbehla rozsiahla pátracia akcia. 1. júna 1972 bol Baader spolu s Jan-Carl Raspem a Holgerom Meinsom zadržaný po zdĺhavej prestrelke vo Franfurkte, pričom Baader bol ľahko postrelený.
Na protest proti podmienkam vo väznici zorganizovali uväznený členovia niekoľko kolektívnych hladoviek, počas jednej z nich v r. 1974Baadera vo väzení navštívil aj svetoznámy filozof Jean-Paul Sartre. V r. 1975 bol Baader s ďalšími členmi RAF premiestnený do špeciálne vybudovanej prísne stráženej sekcie väznice Stammheim v Stuttgarte, kde čakali na proces. Ten sa začal 21. mája 1975 a skončil sa 28. apríla1977 odsúdením Anrdeasa Baadera, Jan-Carl Raspeho a Gudrun Ensslinovej na doživotie.
S tým sa nemohla zmieriť časť odhodlaných Baaderových sympatizantov, ktorá vytvorila tzv. 2. generáciuRAF a na jeseň 1977 zorganizovala sériu koordinovaných únosov (pozri Frakcia červenej armády), ktorej cieľom bolo dosiahnuť prepustenie uväznených členov. Ich požiadavky neboli splnené a ráno 18. októbra1977 boli Baader, Raspe a Ensslinová nájdení vo svojich celách mŕtvi, pričom Baader bol strelený do hlavy. Podľa oficiálnej verzie išlo o kolektívnu samovraždu, čo je však vzhľadom na viaceré nezrovnalosti a výpovede dodnes spochybňované a hovorí sa o vražde spáchanej úradmi.