Boje zastave predstavljaju povijest Madagaskara, žudnju za neovisnošću, te tradicionalne klase. Crvena i bijela su bile boje kraljevstva Merina, koje je podleglo pod Francuzima1896. One su bile boje na zastavi zadnjeg Merina monarha, kraljice Ranavalone III.. One također mogu ukazivati na podrijetlo malagaškog naroda iz jugoistočne Azije, a koriste se i na zastaviIndonezije. Zelena je bila boja Hova, naroda koji je doprinijeo u anti-francuskoj agitaciji i pokretu za neovisnost.