Teritorij Varaždinske biskupije obuhvaća područje Varaždinske i Međimurske županije, veći dio Podravine te sjeverni dio Hrvatskog zagorja.
Prirodnu granicu između sadašnje Zagrebačke nadbiskupije i Varaždinske biskupije čine gora Ivanščica, te područja Kalnika i Bilogore. Sjevernu granicu Varaždinske biskupije predstavljaju rijeke Mura i Drava, odnosno državna granica Republike Hrvatske s Mađarskom i Slovenijom.
U trenutku osnivanja biskupija je imala 97 župa i 9 dekanata. Zbog pastoralnih potreba osnovani su Ludbreški i Čakovečkidekanat te je ustrojeno nekoliko novih župa. Od 105 župa, njih 8 vode redovnici, a ostale dijecezanski svećenici.