Sadašnja administrativna podela Bosne i Hercegovine je dogovorena u okviru ustava koji čini Aneks 4 Opšteg okvirnog sporazuma za mir zaključenog na Daytonskoj mirovnoj konferenciji u novembru 1995, a potom potpisan u Parizu 14. decembra 1995. Ključna komponenta ustava je povlačenje međuentitetske linije, na koji se odnose mnogi drugi zadaci iz drugih aneksa.
Daytonski pregovori su prvi slučaj u kojima je korištena trodimenzionalna satelitska tehnologija i digitalna kartografija da se odrede granice u zvaničnom sporazumu. Zbog brzine i intenziteta pregovora (posebno pri kraju), niz sastanaka komisija za međuentitetsku liniji se održao tokom prvih 6 meseci misije IFOR da se razreše detalji na nekim delovima linije (naročito u Sarajevu). Više od 40 promena međuentitetske linije su dogovorene na sastancima kojeje vodio general Majkl Vilkoks. Promene je odobriozapovednik IFOR-a admiral Lejton V. Smit u julu 1996.
Danas međuentitetsku liniju između Republike Srpske i Federacije Bosne i Hercegovine više ne kontrolišu vojska i policija, niti postoje granične kontrole.
Odluka Ustavnog suda
Ustavni sud Bosne i Hercegovine je, u svojoj prvoj parcijalnoj odluci broj U 5/98, odlučio o pitanju da li Ustav Republike Srpske u svom tekstu može da koristi reč "granica" umesto "linija". Sud je izjavio:
Odredba Ustava RS, koji se odnosi se na "granicu" između Republike Srpske i Federacije BiH, nije u saglasnosti sa Ustavom BiH (član III Opšteg okvirnog sporazuma za mir u Bosni i Hercegovini govori o "graničnoj liniji" između dva entiteta, dok član X koristi termin „granica“ u smislu granica između država).
Zbog toga je Ustav Republike Srpske morao da se menja, što je učinjeno sa Amandmanom broj LXVIII, koji je promeni reč "granica" u amandmanu LV paragrafu 2 stava 2 Ustava Republike Srpske.[1]
novoformirane opštine su označene podebljanim slovima
U vreme potpisivanja Daytonskog sporazuma, opština Brčko je takođe podeljena između FBiH i RS, ali je kasnije pretvorena u distrikt Brčko, koji povezuje Tuzlansko-Podrinjski kanton sa posavskim kantonom u Federaciji BiH, (odnosno, opštine Pelagićevo i Donji Žabar sa opštinama Lopare i Bijeljina u Republici Srpskoj).