Kad je izbila buna, seljaci su izabrali Gubeca za vođu. U kratkom vremenu bune Gubec se pokazao kao sposoban organizator i nadahnjujući vođa, pa je odmah nakon smrti ušao u legendu.
Vodio je seljačku vojsku u presudnoj bitki protiv plemića kod Stubičkih Toplica9. veljače1573. Nakon što su seljaci poraženi, Gubec je uhvaćen i odveden u Zagreb. Smaknut je 15. veljače, a prema legendi je javno mučen na Markovu trgu tako što je prisiljen da nosi krunu od usijanog željeza (kao "seljački kralj"), a zatim je raščetvoren.