Izbor za papu 1061. godine je održan 30. septembra 1061. godine u rimskoj crkvi San Pietro in Vincoli. Do njega je došlo nakon smrti pape Nikole II 27. jula. Predstavljao je prvi izbor napravljen po buli In nomine Domini koju je 1059. bio donio Nikola II i u njoj propisao da papu mora izabirati isključivo kolegij kardinala. Izbor je organizirao redovnik Hildebrand od Savone (budući papa Grgur VII), jedan od najuglednijih crkvenih vođa, koji je, kao i Nikola II, bio zagovornik gregorijanske reforme. Kardinali, među kojima je najistaknutiji bio Petar Damjan, su za novog papu izabrali Anselma di Baggia, biskupa Lucce, jednog od vođa patarenskog pokreta u Milanu i bliskog Hildebrandovog prijatelja i suradnika. On je 1. oktobra preuzeo papsku stolicu i uzeo ime Aleksandar II.

Taj izbor, međutim, nije protekao bez ozbiljnih otpora od strane anti-reformski nastrojenog rimskog plemstva, ali i lombardijskih biskupa. Zbog njih su sudionike izbora u samom Rimu morali štititi normanski vitezovi. Anti-reformske snage su se okupile oko Guiberta, kraljevskog kancelara Italije, a pod čijom je paskom u Baselu 28. oktobra održan crkveni sinod na kome je biskup Parme Pietro Cedal postao antipapa, pod imenom Honorije II. Honorije i njegove pristaše su potom otpočele marš na Rim, gdje su, nakon kraće borbe sa Aleksandrom i njegovim pristašama 14. aprila 1062. zauzele baziliku sv. Petra. Dalje krvoproliće je zaustavio tek vojvoda Gottfried III od Donje Lotaringije, nagovorivši papu i antipapu da odu u svoje matične biskupije i čekaju presudu rimsko-njemačke carice majke Agnes od Poitoua. Puč kojim je vlast u Carstvu preuzeo nadbiskup Anno II od Kölna je, pak, prevagu stavio na stranu Aleksandra, iako je Honorije iz Rima istjeran tek 1063. godine, a spor formalno okončan sinodom u Mantovi 31. maja 1064. kojim je Honorije anatemiziran.

Sljedeći izbor za papu je održan 22. aprila 1073. kada je novim papom postao Hildebrand, uzevši ime Grgur VII.