Kada su 1991. izbili ratovi u bivšoj Jugoslaviji postao je obavještajac, osnivač i zapovjednik Jedinice za specijalne operacije (JSO) (1991 - 1998) . Pripadnici te jedinice su ostali poznati i pod imenom Frenkijevci koje su ponijeli od svog zapovjednika. U SDB-u je imao najduži radni staž od 25 godina. Frenki je bio imenovan 1993. godine za zamjenika Jovice Stanišića, šefa SDB-a.
Simatović je optužen pred Međunarodnim sudom za bivšu Jugoslaviju u Hagu (MKSJ) da je počinio razne zločine nad ne-srpskim stanovništvom tijekom ratova u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini (1991 - 1995). Optužnica u pet točaka teretila je Simatovića i Stanišića za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene na području Hrvatske i BiH progonom, ubojstvima, deportacijama i nehumanim djelima. Zločine su, po optužnici, u Hrvatskoj i BiH počinile jedinice SDB-a, odnosno postrojbe i paravojne formacije koje je stvorila SDB ili je pomogla njihovom stvaranju. Među tim postrojbama su i "Crvene beretke", "Škorpioni", Arkanovi "Tigrovi", "Knindže", pripadnici Martićeve policije, kao i milicija bivše SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema.
Uhićen je zajedno sa Stanišićem u policijskoj operaciji "Sablja" 2003. godine, i isporučen MKSJ-u u Hag. 2007., MKSJ je u presudi protiv Milana Martića utvrdio da su Simatović i Stanišić bili dio udruženog zločinačkog pothvata:
Međutim, jednom kada su se sami Stanišić i Simatović našli na suđenju, pretresno vijeće, kojim je predsjedavao Alphons Orie, ih je 2013. oslobodilo svih krivnji te time proturječio samoj presudi MKSJ-a iz 2007:
Veće je zaključilo da su optuženi organizovali formiranje Jedinice i rukovodili njime, da su organizovali njeno učešće u nizu operacija u Hrvatskoj i Bosni i Herzegovini, kao i da su rukovodili i organizovali njeno finansiranje, logističku podršku i druge vrste značajne pomoći ili podrške tokom celog perioda na koji se optužnica odnosi. Optuženi su najkasnije od septembra 1991. godine komandovali Jedinicom i rukovodili njenim razmeštanjem i izvođenjem obuke preko vodećih pripadnika Jedinice. Jedinica je u avgustu 1993. godine formalno postala deo DB-a Srbije kada je formalizovana kao JATD...Prestresno vijeće je zaključilo da je potporom miliciji SAO Krajine i suradnje sa Milanom Martićem od travnja 1991, Stanišić preuzeo rizik da će milicija SAO Krajine izvršiti zločine kada će uspostaviti srpsku kontrolu nad velikim dijelovima Hrvatske. Međutim, pretresno vijeće smatra da prihvaćanje takvog rizika nije dovoljno za prvi oblik udruženog zločinačkog pothvata.[2]
Tako su po novim pravilima MKSJ-a, prema kojima nije bilo "konkretne usmjerenosti" da njihove paravojne snage počine zločine po Bosni i Hrvatskoj, Simatović i Stanišić pušteni na slobodu što je izazvalo kontroverze.[3] Refik Hodžić, bivši bosanski glasnogovornik MKSJ-a, je za The Economist izjavio da to "više nije naš sud" te da podliježe "čudnom samouništenju".[4] Bivša glasnogovornica MKSJ-a Florence Hartmann,[5]Nataša Kandić, Francis Boyle, predsjednica Helsinškog odbora za ljudska prava u SrbijiSonja Biserko,[6] Centar za suočavanje s prošlošću - Documenta, Građanski odbor za ljudska prava i Centar za mir, nenasilje i ljudska prava u Osijeku su digli glas protiv takve presude.[7] Eric Gordy, koji predaje politiku i sociologiju na sveučilištu u Londonu, je za New York Times zapisao sljedeće o završnom radu MKSJ-a:
Nešto od ovog razmišljanja možda izgleda kao pozivnica teoretičarima zavjere da potraže zlokobne utjecaje na odluke Tribunala. Ali zavjera nije potrebna kako bi objasnila da suci predstavljaju države koje ih nominiraju za Tribunal, te da je pravo konzervativna profesija. Za vanjskog promatrača izgleda kao da je MKSJ bio na putu uspostavljanja prijelomnih slučaja, vidio što to implicira, te potom napravio korak natrag. Završna runda Tribunalove pravne filozofije ukazuje na žalostan kraj priče o sudu koji je osnovan sa malo nade, potom ohrabrio neke, samo da bi potom sve skupa bacio kroz prozor.[8]
Mjesec dana nakon presude, tužitelji MKSJ-a su 28. lipnja 2013. uložili žalbu na prvostupanjsku presudu.[9]