U januaru 2009. Walker je bila među 50 potpisnika peticije koji su na filmskom festivalu u Torontu osudili Izrael kao „apartheidski režim“.[4] U martu iste godine, zajedno sa 60 drugih ženskih aktivista iz antiratne organizacije Code Pink, putovala je u Pojas Gaze kao odgovor na nedavno završeni rat i angažirala se u nagovaranju Izraela i Egipta da otvore svoje granice prema blokiranom palestinskom području. Walker je u sličnim aktivističkim protestima sudjelovala i u decembru u Egiptu[5], a 23. 6.2011. najavila je planove za priključenje flotili za Gazu čiji je cilj bio probijanje izraelske pomorske blokade i dostava humanitarne pomoći.[6][7]
Godine 2012. Walker je odbila dati dozvolu za hebrejskiprijevod svoje knjige The Color Purple, s izlikom da Izrael „krši međunarodno pravo“ i „provodi apartheid“[8]. Njena odluka dočekana je uz oštre kritike kod proizraelskih pojedinaca i organizacija – A. Dershowitz njena je stajališta opisao „bigotrijom“ uz dodatak da ima „dugu historiju podržavanja terorizma“ odnosno „moral ravan neonacistima“[9], dok je direktor Antidifamacijske ligeA. H. Foxman odluku opisao „tužnom, pristranom i zaslijepljenom protuizraelskim duhom“.[10] Foxman je oštro kritizirao i njenu drugu knjigu The Cushion in the Road zbog analogija Izraela i nacizma, optuživši pritom Walker za antisemitizam[11]. S druge strane, izraelska analitičarka i novinarka E. Goldberg odbacila je takve optužbe protiv Walker, kao argumente navodeći da je bila u braku s jevrejskim advokatom M. R. Leventhalom, da joj je kćer polujevrejka, da je na ekranizaciji knjige The Color Purple surađivala s jevrejskim režiserom S. Spielbergom, te da njeni pozivi na bojkot nisu usmjereni ni protiv Jevreja, ni protiv Izraela, već protiv izraelske vlade[12].
