Чёрный флаг использовался и используется во многих государствах и странах мира, в различные периоды истории человечества, и в различных областях жизнедеятельности. В зависимости от цивилизации у различных народов, народностей, обществ имел различное значение и использование. Например на Волжском бассейне при проводке караванасудовмокшан находились особые завозни с необходимыми приспособлениями для съёмки судна с мели, причём если одно из судов каравана терпело аварию, то на нём поднимался сигнал (чёрный флаг), по которому все остальные суда были обязаны стать на якорь и подать помощь повреждённому судну[1]. Ниже представлены сведения об использовании чёрных флагов.
В западном мире чёрные флаги часто ассоциируются с похоронами — в частности, с объявлением государственного или народного траура.
В странах бывшей Югославии простой чёрный флаг является траурным флагом. По традициям православия[источник не указан 1041 день] он висит в течение 40 дней после смерти на доме покойного.
«Чёрный флаг» является синонимом для «Весёлого Роджера» — черепа и скрещённых под ним костей, которые расположены на чёрном поле, — и связан с пиратством[5].
Чёрный флаг используется как гоночный флаг, для вызова водителя на заправочно-ремонтный пункт.
В некоторых видах гонок чёрный флаг используется для дисквалификации участников соревнований или для указания на какие-то иные взыскания (такие как принудительный пит-стоп в NASCAR).
В парусных гонках, когда чёрный флаг показывается вместе с сигналом «подготовительный», лодка, которая заходит за стартовую линию в течение последней минуты перед сигналом «старт открыт», немедленно дисквалифицируется без рассмотрения[6].