По мнению историков, эта легенда возникла лишь в последней четверти XVI века и имеет хронологические проблемы[2].
По версии С. Б. Веселовского, род Захарии был исконно костромским родом, перешедшим на службу в Москву в 30-х годах XIV века в связи с получением Иваном Калитой великокняжеской власти. По его мнению, Захария жил во второй половине XIII века и имел сына Александра (ум. 1304). Первым поступившим на службу в Москву был внук Захарии Дмитрий Александрович Зерно. Ипатьевский монастырь был основан в конце XIII века и изначально был вотчинным монастырём, расположенным на земельных уделах Захарии[3].
Альтернативную версию славянского происхождения Захарии Чета предложил историк М. А. Емельянов-Лукьянчиков. Он считает, что Захария Чет был представителем древнего боярского рода, служившего галицко-волынскому князюДаниилу, и появился в Костроме в конце XIII века. Предполагается, что он же вывез Ипатьевскую летопись, которая значительно позже была обнаружена в Ипатьевском монастыре[4] .
Захария был родоначальником знатных русских дворянских фамилий: Годуновых, Сабуровых, Вельяминовых-Зерновых[5]. Старшая линия потомков, Сабуровы, в конце XV столетия заняла место среди знатнейших родов московского боярства. Младшая, Годуновы, выдвинулась столетием позже, при Иване Грозном, во время опричнины[6].
Захария и его сын Александр были погребены в Ипатьевском монастыре[7].