В 1964 году в Институте философии АН СССР защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата философских наук по теме «Критика христианского гуманизма баптистов»[2].
В 1986 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора философским наук по теме «Эволюция христианского сектантства в социалистическом обществе»[1][3].
Основные направления исследований: протестантское сектантство в СССР; христианский гуманизм и проблемы человека; проблемы протестантского фундаментализма и модернизма; социальная и идеологическая сущность религиозного экстремизма[1].
Филимонов Э. Г. Новые тенденции в идеологии и деятельности современного сектантства. — М., 1977.
Филимонов Э. Г. Христианское сектантство и проблемы атеистической работы. — Киев: Политиздат Украины, 1981. — 183 с.
Филимонов Э. Г. Социальная и идеологическая сущность религиозного экстремизма. — М.: Знание, 1983. — 64 с. — (Научный атеизм).
Ислам в СССР. Особенности процесса секуляризации в республиках советского Востока: монография / А. И. Абдусамедов, И. Ш. Алискеров [и др.]; отв. ред. Э. Г. Филимонов ; Др., ЦК КПСС. Академия общественных наук [АОН]. Институт научного атеизма. — М.: Мысль, 1983. — 173 с.
Филимонов Э. Г. Социальная политика КПСС и атеистическое воспитание. — М., 1988.
Филимонов Э. Г.Традиции религиозного либерализма в современном баптизме // Вопросы научного атеизма. Вып. 2. Модернизация религии в современных условиях / Акад. обществ. наук ЦК КПСС. Ин-т научного атеизма. — М.: Мысль, 1966. — С. 243—269. — 439 с. — 23 000 экз.
Филимонов Э. Г. Причины существования пережитком в советском обществе // Наука против религии: В 3 кн. Кн. 2: Общество и религия / Ред. коллегия: П. Н. Федосеев и др.; АН СССР. Ин-т философии. Акад. обществ. наук при ЦК КПСС. Ин-т науч. атеизма; Отв. ред. Э. А. Асратян. — М.: Наука, 1967. — С. 470 — 490. — 506 с.
Филимонов Э. Г.Социологические исследования процесса преодоления религии в сельской местности: итоги, проблемы, перспективы // Вопросы научного атеизма. Вып. 16 / Редкол. А. Ф. Окулов (отв. ред.); Акад. обществ. наук ЦК КПСС. Ин-т научного атеизма. — М.: Мысль, 1974. — С. 71—88. — 358 с. — 18 300 экз.
Коновалов Б. Н., Филимонов Э. Г.Комплексный подход в атеистическом воспитании — решающий фактор повышения его эффективности // Вопросы научного атеизма. Вып. 22 / Редкол. А. Ф. Окулов (отв. ред.); Акад. обществ. наук ЦК КПСС. Ин-т научного атеизма. — М.: Мысль, 1978. — С. 160—177. — 319 с. — 23 000 экз.
Филимонов Э. Г. Христианское сектантство и гуманизм // Гуманизм, атеизм, религия. — М., 1978;
Филимонов Э. Г. Особенности эволюции христианского сектантства в условиях Казахстана и Средней Азии // Вопросы теории и практики атеистического воспитания. — Ташкент, 1979
Филимонов Э. Г. Социально-политические ориентации верующих и неверующих // Национальное и религиозное. — М., 1996
Филимонов Э. Г. Благотворительность и протестантские церкви // Милосердие. Учебное пособие — М., 1998;
Филимонов Э. Г. Русское национальное сознание как духовный феномен российской цивилизации // Российская цивилизация (этнокультурные и духовные аспекты). — М., 1998;
Филимонов Э. Г. Социальное самочувствие и социально-политические ориентации верующих и неверующих: сходство и различия (По материалам социол. иссл. 1997 года) // Обновление России: трудный поиск решений. — Вып. 6. — М., 1998
Филимонов Э. Г. Национальные интересы и духовная безопасность России // Обновление России: Трудный поиск решений. — Вып. 7. — М., 1999
↑Филимонов Э. Г. Критика христианского гуманизма баптистов : Автореферат дис. на соискание учёной степени кандидата философских наук / АН СССР. Ин-т философии. — Москва, 1964. — 21 с
↑Филимонов Э. Г. Эволюция христианского сектантства в социалистическом обществе : Автореф. дис. на соиск. учён. степ. д-ра филос. наук : (09.00.06). — М., 1985. — 46 с.