• 16 июня 2016 года футболисты «Сибири» возобновили тренировки и провели на своей базе первую полноценную тренировку.
• 26 июня 2016 года «Сибирь» в Томске провела контрольный матч с «Томью» — 0:0.
• 1 и 5 июля 2016 года «Сибирь» в Барнауле и Новосибирске соответственно провела два контрольных матча с «Динамо-Барнаулом» — 1:0 (Выходил) и 4:0 (Вотинов, Богданов, Глушков, Овсепян).
• 6 июля 2016 года ФК «Сибирь» ознакомила болельщиков с ценовой политикой на билеты в сезоне 2015/16: на один матч от 100 до 300 рублей в зависимости от сектора стадиона, абонементы — от 1 400 до 10 000 рублей (в бизнес-ложе)[3]
• 11 июня 2016 года было объявлено о том, что, с 14-го июня клуб возглавит главный тренер Евгений Перевертайло[4].
• 8 июля 2016 года состоялась пресс-конференция, посвящённая старту нового футбольного сезона, в ходе которой перед журналистами выступили генеральный директор, главный тренер и футболисты «Сибири». Генеральный директор Семён Семененко так охарактеризовал задачи на сезон[5]:
Нам пришлось практически создавать новую команду, большая часть игроков основного состава ушла. Но остались проверенные бойцы, на которых держится вся «Сибирь». К ним мы добавили квалифицированных игроков и молодежь. Привязываться к 6-му, 7-му или 12 месту в турнирной таблице нет никакого смысла. Но в силу потенциала команды и амбиций мы не будем ограничиваться этим. Мы хотим быть приятным сюрпризом для своих болельщиков и неожиданностью для соперников.
Также на пресс-конференции была озвучена информация о том, что «Сибирь-2» не будет участвовать в соревнованиях зоны Восток.
• 9 октября 2016 года было официально объявлено об отставке главного тренера Евгения Перевертайло[6]. Временно исполняющим обязанности главного тренера стал помощник главного тренера — Сергей Кирсанов.
• 7 ноября 2016 года Временно исполняющий обязанности главного тренера Сергей Кирсанов был назначен главным тренером[7].
• 14 декабря 2016 года Лучшим игроком в составе «Сибири» в осенней части Первенства ФНЛ 2016/2017 болельщики признали Евгения Чеботару[8].
• 11 — 24 января 2017 года проходил учебно-тренировочный сбор в Анталье, где команда сыграла товарищескую игру с Алмалыком — 0:3.
• 28 января — 9 февраля 2017 года проходил учебно-тренировочный сбор на Белеке, где команда сыграла три товарищеские игры: Сабуртало — 2:1 (Чеботару, Андреев); Балмазуйварош — 4:1 (Андреев, Коржунов, Гладышев, автогол); Жальгирис — 2:3 (Андреев, Безлихотнов).
• 14 — 28 февраля 2017 года проходил учебно-тренировочный сбор в Турции, где команда сыграла три товарищеские игры: Хельсингёр — 3:1 (Андреев, Коржунов, Беляев); Тараз — 1:1 (Чеботару); Шахтёр — 0:1.
• 28 мая 2017 года Лучшим игроком в составе «Сибири» в весенней части Первенства ФНЛ 2016/2017 болельщики признали Евгения Чеботару[9].
Места команд «Балтика», «Сибирь» и «Луч-Энергия» также определены по результатам личных встреч. Все шесть матчей между командами завершились вничью, «Балтика» в них забила 3 мяча, «Сибирь» — 2, «Луч-Энергия» — 1.[11]
Вышел в стартовом составе Вышел на замену Дисквалифицирован (пропускал матч) Травмирован / Болел Не заявлен / Отзаявлен • В заявке на матч * Удалён с поля