PROFILPELAJAR.COM

Sortase B
Sortase B
Идентификаторы
Шифр КФ	3.4.22.71
Базы ферментов
IntEnz	IntEnz view
BRENDA	BRENDA entry
ExPASy	NiceZyme view
MetaCyc	metabolic pathway
KEGG	KEGG entry
PRIAM	profile
PDB structures	RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum
Поиск
PMC	статьи
PubMed	статьи
NCBI	NCBI proteins

Сортаза Б — подтип белков класса Сортаза. Сортаза Б представляет собой полипептид из 246 аминокислот с предполагаемым N-концевым мембранным якорем и цистеином активного сайта, расположенным внутри сигнатурного мотива TLXTC сортаз^[1]^[2].

Сортазы представляют собой закрепленный на мембране фермент, который сортирует поверхностные белки на поверхности бактериальной клетки и прикрепляет их к пептидогликану^[3]. Существуют разные типы сортаз, и каждая из них катализирует закрепление разных белков на клеточных стенках.^[4]

Очень важно, чтобы бактерии усваивали железо во время инфекции^[5]. Железо, пожалуй, является самым важным микронутриентом, необходимым для размножения бактерий и возникновения болезней. Сортазы предназначены для помощи бактериям в приобретении железа, закрепляя белки, присвивающие железо, на клеточной мембране^[6]^[7]. Сортаза Б распознает и расщепляет мотив NPQTN^[8]^[9], который связывает IsDC для сборки зрелого пептидогликана^[10]. Фермент катализирует реакцию сортировки клеточной стенки, в которой отщепляется поверхностный белок с сигналом сортировки, содержащим мотив NXTN.

Этот фермент принадлежит к семейству пептидаз C60.

Структура

Общая структура SrtB сохраняется у различных грамположительных бактерий. Общая структура SrtB в S. aureus, как показано на рисунке, состоит из уникальной восьмицепочечной ядерной β-цилиндрической структуры и двухспирального субдомена на N-конце.

SrtB похож по структуре на SrtA со среднеквадратичным отклонением 1,25Å, но SrtB имеет более периферические спирали^[6] Он имеет N-концевой спиральный пучок и α-спираль между β6 и β7. N-концевое расширение, присутствующее в SrtB относительно SrtA, является важным отличительным элементом. Известно, что два конца размещаются на одной стороне белка. Считается, что это приводит к различной ориентации белка на поверхности клетки, потенциально влияя на доступ к субстрату.

Катализ

Фермент сортаза B катализирует реакцию сортировки клеточной стенки с поверхностным белком, где отщепляется сигнальный мотив NXTN. В результате С-конец белка ковалентно присоединяется к пентаглициновому мостику через амидную связь, таким образом привязывая С-конец белка А к клеточной стенке.^[11]

Он расщепляет молекулу-предшественник белка по мотиву NPQTN. Пептидная связь между T и N сортирующего мотива NPQTN расщепляется с образованием тетраэдрического ацильного промежуточного соединения. Считается, что аминогруппы пентаглициновых поперечных мостиков, связанных с молекулами-предшественниками пептидогликана липида II, функционируют как нуклеофильные, разделяющие ацильные промежуточные соединения и создавая амидную связь между поверхностным белком и липидом II с последующим включением этого промежуточного соединения в энволоп клеточной стенки.

IsDC остается похороненным внутри клеточной стенки, а не на поверхности, как IsDA и IsDB, заякоренные Sortase A. Вся эта система работает вместе, чтобы удалить железо из гемоглобина^[9].

Биологическая роль

Поверхностный белок грамположительных бактерий играет важную роль в патогенезе инфекций человека^[7]^[3], таких как Псевдомембранозный энтероколит. Эти поверхностные белки опосредуют начальное прикрепление бактерий к тканям хозяина. Эти белки ковалентно связаны с пептидогликаном стенки бактериальной клетки. Поскольку все больше и больше патогенов становятся устойчивыми к антибиотикам, ингибирование сортаз может предложить новую стратегию против грамположительных бактериальных инфекций^[12].

SrtB, в частности, привлек большое внимание и признан многообещающей мишенью^[13] и удаление его гена у грамположительных бактерий приведет к серьёзным нарушениям вирулентности. Кристаллические структуры этих ферментов SrtB из разных видов были решены с помощью лигандов / ингибиторов, связанных с их активным центром. Зная активный центр, можно разработать более эффективные терапевтические средства против этих видов бактерий.