Берёт начало в отрогах хребта Селуин гор Маккензи и течёт на юго-восток до впадения в реку Лиард. На своём сравнительно коротком пути в 540 километров река теряет почти полкилометра высоты (475 метров), прорезает несколько горных хребтов и образует один из красивейших водопадов Северной Америки — водопад Вирджиния[4][5]. Высота истока — 825 м над уровнем моря. Высота устья — 350 м над уровнем моря.[источник не указан 1698 дней]
Река Саут-Наханни характеризуется сильными сезонными колебаниями стока. Средний расход воды — 404 м³/с.[источник не указан 1698 дней] Наибольший сток наблюдается во время весенней оттепели с паводком в июне, вызванным бурным таянием снега на горных склонах. С июля по сентябрь наблюдается достаточно высокий уровень воды в реке и в этот период также возможны паводки, связанные с сильными дождями. В осенне-зимний период уровень воды в реке минимален. Саут-Наханни имеет множество притоков — рек и ручьёв, часть из них имеет сезонный характер. Влияние подземных вод на сток реки не изучено. В пределах национального парка Наханни река принимает свои главные притоки — Флат-Ривер и Рэббиткеттл (Rabbitkettle River), которые также стекают с хребта Селуин.
Флора
На территории бассейна реки представлены 230 родов и свыше 750 видов растений, что значительно превышает количество растений в других местах Северо-Западных территорий.
Причиной такой чрезвычайно богатой флоры является наличие чрезвычайно различных почв, условий и мест обитания, таких например, как участки почвы с влажным известковым субстратом, зоны водяной пыли водопадов, горячие и холодные минеральные источники, незамерзающие участки и области прерывистой вечной мерзлоты. Кроме того, река пересекает на своём пути участки с различным микроклиматом и погодными условиями.
Река протекает в местности, имеющей растительность двух главных зон — северного леса и альпийской тундры. В низинах долин плотно растут белые ели, бальзамические тополя и осины, на больших высотах и на северных склонах чаще встречаются чёрные ели, сосны, субальпийские пихты и лиственницы. Близ водопада Верджиния растет несколько разновидностями редких орхидей. Альпийская тундра, представленная осоками, лишайниками, травами и кустарниками, характерна для Хэдлесс (Безголового) и Фьюнерал (Похоронного) хребта, а также для хребта Тлонгочо. Дикая мята, фиалки, астры и множество других цветов растёт у минеральных источников близ Флэт-Ривер. Всего в бассейне Саут-Наханни произрастает 40 видов растений, которые не растут нигде кроме гор Маккензи, а астра Наханни (Aster nahanniensis) и вовсе является эндемиком национального парка Наханни.
В водах реки и её притоков представлено 16 видов рыб — арктический хариус, озёрная форель, северная щука, плотва, налим, озёрный и горный сиг, озёрный жерех. Северная щука представлена лишь в низовьях реки.