Река Санта-Фе вытекает из озера Литл-Санта-Фе (соединённого на юге с озером Санта-Фе[англ.]), водная поверхность которого находится на высоте 42 м[4]. После этого река течёт преимущественно в западном направлении, протекая по округам Брадфорд, Алачуа, Юнион, Колумбия, Сувонни и Гилкрист (Флорида)[2].
В своём верхнем течении река Санта-Фе образует границу между округами Алачуа и Брадфорд, а затем — между округами Алачуа и Юнион[5]. Далее река образует границу между округами Гилкрист и Колумбия[6], а затем, в самом нижнем течении, — между округами Сувонни и Гилкрист[7]. В округе Колумбия в парке штатаО’Лено[англ.] река уходит под землю и выходит обратно на поверхность пятью километрами ниже по течению, в парке штата Ривер-Райз-Презерв[англ.][8].
Река Санта-Фе впадает в реку Сувонни на высоте 2 м над уровнем моря, вблизи города Бранфорд[2]. Наряду с реками Алапахо (Alapaha River) и Уитлакучи (Withlacoochee River), Санта-Фе является одним из трёх основных притоков реки Сувонни, которая впадает Мексиканский залив[9].
↑Атлас мира / сост. и подгот. к изд. ПКО «Картография» в 1999 г. ; отв. ред. Т. Г. Новикова, Т. М. Воробьёва. — 3-е изд. — М. : Роскартография, 1999. — С. 231. — ISBN 5-85120-055-3.
↑Santa Fe River and Sink (неопр.) (HTML). Florida State Parks — www.floridastateparks.org. Дата обращения: 27 декабря 2023. Архивировано 27 декабря 2023 года.