По музееведческой классификации музей относился к музеям исторического профиля, «собрания которых документируют генезис и развитие религии как сложного социокультурного феномена»[1]. Его создание было обусловлено необходимостью не только организовать экспозицию, но и обеспечить приём на сохранение ценностей, находившихся в закрываемых церквях, так как согласно декретов всё это имущество представляло собой народное достояние.
На первых порах, в 1918—1922 годах, многие храмы и монастыри, утратившие свою функцию, продолжали существовать как музеи церковного быта. «Это была единственно возможная форма сохранения наследия в условиях того времени, для этой же цели обществом»[1]. Однако по мере восстановления экономики с переходом к НЭПу, а также в связи с созданием новых учебных заведений и организаций был поставлен вопрос о передаче помещений закрытых церковных зданий для использования на общественные нужды и по хозяйственному назначению. Поэтому со второй половины 1920-х годов часть музеев церковного быта закрывается или перепрофилируются в антирелигиозные музеи для борьбы с «церковной контрреволюцией». Но даже и в такой форме существования музеи, комплектовавшие свои собрания предметами из закрывавшихся церквей и монастырей, спасали от гибели культурные ценности[1].
Инициатором создания музея выступило общество «Старый Петербург», образованное в 1921 году рядом известных архитекторов и учёных Петрограда. Председателем Совета общества стал директор Музея Петрограда архитектор Л. А. Ильин. В общество входили также А. Н. Бенуа, П. П. Вейнер, директор Института истории искусств В. П. Зубов, В. Я. Курбатов, П. Н. Столпянский, директор ЭрмитажаС. Н. Тройницкий. Помимо Музея отживающего культа, по инициативе этого же общества в Ленинграде был создан Музей купеческого быта 1840—1860-х гг.[3].
Директором музея был В. А. Таубер. Музейная экспозиция была развернута в анфиладных залах второго этажа обоих домов (№ 1 и 3)[5].
Среди церквей, чьё имущество было передано в Музей отживающего культа, Энциклопедия Санкт-Петербурга называет[6]:
Собор свт. Спиридона Тримифунтского (Адмиралтейский)
Церкви ап. Павла и вмч. Георгия Победоносца при Мариинской больнице для бедных
Церковь апп. Петра и Павла при Императорском университете
Церковь апп. Петра и Павла при Императорском училище глухонемых
Церковь Спаса Нерукотворного Образа при Придворно-конюшенной части
Церковь Успения Пресвятой Богородицы (крестовая) в Александро-Невской Свято-Троицкой лавре
В 1928 г. здания были переданы Академии наук СССР[5], которая в 1932 году создала в Ленинграде Музей истории религии (с 1955 года — Музей истории религии и атеизма)[1]. Размещённый в Казанском соборе, новый музей принял коллекции Музея отживающего культа и ряда других религиоведческих музеев. Общество «Старый Петербург» было закрыто в 1938 году[3][4].