С марта 1942 года по сентябрь 1944 года — командир разведывательно-диверсионной группы «Ходоки», переросшей в партизанский отряд имени Ф. Э. Дзержинского, действовавшего на территории Орловской, Киевской, Житомирской, Черниговской, Волынской, Гомельской, Ровенской и Брестской областей, а также в Польше. В 1942 году отряд прошёл по тылам врага более 3000 км, нанося существенный вред живой силе и технике. В июне 1943 года в городе Житомире взорваны здания центрального телеграфа, типография газеты оккупантов «Голос Волыни» и помещение в здании, где размещался гебитскомиссариат. Сам гебитскомиссар был тяжело ранен, а его заместитель убит. В июле 1943 года взорваны электростанция и водопровод, нефтесклад, склады с амуницией, продовольствием и техникой, также многократно повреждался телеграфный кабель секретной связи Берлин-Киев. Всего с 15 марта 1942 года по 20 августа 1944 года отряд уничтожил около 2 тысяч солдат и офицеров противника, пустил под откос 48 эшелонов, взорвал 3 бронепоезда и 10 железнодорожных и шоссейных мостов, сбил 2 вражеских самолёта. Советскому командованию также передавались ценные разведывательные данные.
С 1944 года — на руководящей оперативной работе в органах НКВД—НКГБ—МГБ—МВД (оперативный сотрудник особой группы при народном комиссаре внутренних дел СССР, заместитель и начальник отделения службы «ДР» МГБ). Спецгруппа, руководимая Мирковским, участвовала в ликвидации подполья ОУН-УПА, действуя под прикрытием отряда украинских националистов.[1]
С 23 мая по 7 октября 1953 года — советник МВД СССР при Службе госбезопасности Албании (Сигурими).
С марта 1954 года — начальник 13-го (разведывательно-диверсионного) отдела ЛГУ КГБ при СМ СССР.
1955 год — уволен в запас по состоянию здоровья. Жил в Москве.
