Клуб официально был зарегистрирован 10 октября 2019 года вице-президентом киевского «Динамо», бывшим спортивным директором харьковского «Металлиста» Евгением Красниковым[3][4]. «Металл» не является правопреемником «Металлиста», который был расформирован в 2016 году из-за того, что его последний владелец Сергей Курченко перестал финансировать клуб и отказался продать его другим потенциальным инвесторам, однако фактически считал «Металлист» своим предшественником[5][6][7]. Основной задачей нового клуба Красников назвал создание сильной детской футбольной школы[8][9].
Руководство клуба сразу после создания команды подало заявку на участие во Второй лиге Украины 2020/21[10]. И, хотя по регламенту клуб может участвовать в профессиональных соревнованиях лишь после участия в любительском чемпионате или кубке[11], в итоге «Металл» был допущен сразу ко Второй лиге[12].
29 августа 2020 года команда стартовала в Кубке Украины и в первом предварительном раунде уступила клубу «ВПК-Агро» из Шевченковки Днепропетровской области со счётом (1:3)[16]. Свой первый матч во Второй лиге Украины команда сыграла 5 сентября 2020 года против черкасского «Днепра» (4:0)[17].
В сентябре 2020 года Красников утверждал, что бизнесмен Александр Ярославский никак не связан с ФК «Металл»[18]. Весной 2021 года Ярославский заявил, что «Металл» является его проектом, и он хочет возродить бренд «Металлиста»[19][20], но при этом отказывается погашать долги «Металлиста»[21][22].
После окончания сезона 2020/21, ФК «Металл» с результатом 20 побед, 2 ничьи, 65 забитых и только 5 пропущенных мячей, занял первое место в группе «Б» и потом в финальном матче обыграл 1:0 «Подолье», став чемпионом второй лиги Украины.[23] После этого ФК «Металл» официально сменил эмблему и название на ФК «Металлист»[2]. 4 августа 2021 года президентом клуба официально стал Александр Ярославский[24], а Евгений Красников перешёл на должность вице-президента[25].
Первоначально клуб планировал проводить матчи Второй лиги Украины на стадионе «Авангард» в городе Змиёв Харьковской области, а позже появилась информация о намерении выступать на харьковском стадионе «Новая Бавария»[33][34]. В связи с реновацией газона на стадионе «Новая Бавария» руководство клуба заявило своей главной ареной стадион «Солнечный»[35]. В марте—ноябре 2021 года домашним стадионом команды являлась главная арена Харькова — ОСК «Металлист».
Домашние матчи «Металла» против одесской «Реал Фармы» и днепровской «Перемоги» в сентябре 2020 года собрали на «Солнечном» соответственно 477[36] и 489[37] зрителей. 28 марта 2021 года команда сыграла первый матч второй части сезона против черкасского «Днепра» на стадионе «Металлист». 29 мая 2021 года на игре «Металла» против Кривбасса (3:0), которая состоялась на стадионе «Металлист», был установлен рекорд Второй лиги Украины и ПФЛ Украины в целом — 32 300 зрителей[38].
Команда проводила тренировки, в частности, на харьковском стадионе «Динамо-Арена»[39].
