Следующее упоминание о Марке Минуции в источниках относится к 217 году до н. э., когда на территории Италии шла война с Ганнибалом. Один из консулов Гай Фламиний погиб вместе со всей армией в битве при Тразименском озере, и тогда сенат и народное собрание решили прибегнуть к диктатуре. Поскольку второй консул был в Ариминуме, этими выборами впервые в истории республики занялся народ. Комиции назначили диктатором Квинта Фабия Максима, а начальником конницы — Марка Минуция. До этого начальники конницы всегда назначались самими диктаторами, но на этот раз, видимо, изменение процедуры было необходимо для достижения компромисса между противоборствующими группировками в сенате[7][8].
Квинт Фабий применил новую тактику: он следовал за противником, не давая ему больших сражений, но активно действуя на его коммуникациях, уничтожая мелкие отряды и обеспечивая необходимым боевым опытом своих новобранцев. Это была война на истощение, в которой Рим обладал преимуществом, поскольку располагал богатыми людскими и материальными ресурсами Италии. Но такая тактика была рассчитана на долгий срок, и у неё было много противников среди римлян: Ганнибал получал относительную свободу действий, чтобы грабить страну, и поведение Фабия могло выглядеть как проявление слабости, трусости и неспособности защитить союзников Рима[9].
Марк Минуций возглавил армейскую оппозицию тактике диктатора: он открыто называл Квинта Фабия трусом и лентяем. В конце концов Максим под предлогом жертвоприношений был отозван на время из армии, и командование перешло к Руфу. Начальник конницы смог нанести врагу серьёзные потери в относительно крупной стычке, и это вызвало в Риме большое воодушевление[10]. Тогда народный трибун Марк Метилий предложил уравнять начальника конницы в правах с диктатором; народное собрание приняло это предложение, фактически означавшее восстановление коллегиальности[11][12].
Марк Минуций предложил Квинту Фабию командовать армией поочерёдно, но тот настоял на разделении войск, так что каждый получил два легиона. Совсем скоро карфагеняне спровоцировали Руфа на сражение, в котором римлян неожиданно атаковали из засады; в этот момент Максим пришёл на помощь коллеге, и Ганнибал предпочёл увести войска. После столь явной победы Фабия Марк Минуций добровольно отказался от недавно полученных прав и вернулся к прежним обязанностям обычного начальника конницы. По истечении шестимесячного срока командование снова перешло к консулам[13].
В 216 году до н. э. Марк Минуций сражался при Каннах и там погиб[14].