С апреля 1917 года Комаровский получил под своё командование Первый Читинский казачий полк: несмотря на трудности, смог привести полк с фронта, сохранив военную дисциплину. В ночь на 17 января 1918 года ввёл полк в Читу, чем пресёк первую попытку большевиков установить свою власть в городе. Но уже 16 февраля Н. М. Комаровский, как и остальные офицеры полка, был арестован солдатами Второго Читинского казачьего полка, распропагандированными сторонниками Ленина. Был освобождён и стал комендантом города Хайлара. 13 июля Николай Михайлович получил пост начальника Второго Забайкальского полка и, одновременно, гарнизона Хайлары[4].
В сентябре 1919 года Комаровский был назначен начальником обороны Актюбинска: на этом посту на него было совершено покушение, с участием нижних чинов Белой армии[6]. После неудачной покушения он стал участником Голодного похода. В этот период он вновь получил ранение, приведшее к необходимости ампутировать ему ступню левой ноги. Несмотря на это, в 1920—1921 годах Николай Комаровский состоял начальником Отдельной егерской бригады Оренбургского казачьего войска. В апреле 1921 года он перебрался из Урги в Маньчжурию[4].
В 1922 году Комаровский находился на Дальнем Востоке, в Приморье. 5 сентября он стал нештатным генералом для поручений при местном воеводе Земской рати[3]. Позже оказался в эмиграции, прожив 20-е и 30-е годы в Харбине. С 1922 по 1939 год Н. М. Комаровский занимался репетиторством и преподавал математику в Харбинской духовной семинарии. Состоял членом Корпуса Императорской армии и флота, а также входил в местный Союз русских военных инвалидов. В 1937 году именно Николай Михайлович стал инициатором создания харбинского Кирилло-Мефодиевского братства[4].
В годы Второй мировой войны Комаровский переехал в Европу — во Францию. Стал членом Союза русских военных инвалидов в Каннах. Последние годы прожил в Русском доме в Сен-Рафаэле, где и скончался 4 сентября 1969 года — был похоронен на местном кладбище[4][2].
Комаровский // Белые генералы Восточного фронта Гражданской войны : Биографический справочник / Волков Е. В., Н. Д. Егоров, И. В. Купцов. — М.: Русский путь, 2003. — 239 с. — ISBN 5-85887-169-0.