↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 15 апреля 2024 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, обновлено по состоянию на 5 апреля 2024 года.
Каноббио — воспитанник столичного клуба «Феникс». 30 августа 2016 года в матче против «Серро» он дебютировал в уругвайской Примере[5]. 8 апреля 2017 года в поединке против «Бостон Ривер» Агустин забил свой первый гол за «Феникс»[6].
В начале 2018 года Каноббио перешёл в «Пеньяроль». 27 января в матче за Суперкубок Уругвая против «Насьоналя» он дебютировал за основной состав[7] и стал обладателем первого трофея в составе новой команды. 21 марта в поединке против «Серро» Агустин забил свой первый гол за «Пеньяроль»[8]. В своём дебютном сезоне игрок помог команде выиграть чемпионат.