Мак Макларти, давний друг Клинтона, сделавший успешную деловую карьеру и занимавший пост председателя Демократической партии Арканзаса, стал первым руководителем аппарата Клинтона[1]. Клинтон убедил Ллойда Бентсена, сенатора от Техаса и кандидата в вице-президенты от Демократической партии 1988 года, стать его первым министром финансов[2]. В начале первого срока Клинтона Бентсен, директор АБУЛеон Панетта, министр труда Роберт Райх и политический координатор Роберт Рубин были главными экономическими советниками Клинтона[3]. Внешнеполитическую группу первого срока Клинтона возглавляли советник по национальной безопасности Энтони Лейк и госсекретарь Уоррен Кристофер, работавшие ещё в администрации Картера[4]. Вице-президент Гор и первая леди Хиллари Клинтон стали двумя наиболее влиятельными фигурами в администрации Клинтона, и Клинтон интересовался их мнением по широкому кругу вопросов[5].
Клинтон решил впервые назначить на пост генерального прокурора женщину, остановив свой выбор на малоизвестном корпоративном юристе Зои Бэрд. Однако, Судебный комитет Сената сообщил, что Бэрд наняла перуанскую пару, оба иммигранты без документов, для работы в её доме. Дело получило название «Нэннигейт» (англ.Nannygate)[6]. Бэрд сняла свою кандидатуру, и Клинтон предложил пост Кимбе Вуд, которая также была вынуждена быстро отказаться от участия из-за схожих проблем[7]. Джанет Рино, прокурор штата Флорида, несколько недель спустя была выдвинута на пост генерального прокурора и получила подтверждение в марте 1993 года[8]. Испытывая трудности с этими кандидатурами, а также с кандидатурой Лани Гинье, Клинтон пригласил Дэвида Гергена, который ранее работал в республиканской администрации, на должность советника президента[9]. Министр обороны Лес Эспин ушёл в отставку после сражения в Могадишо, и его сменил Уильям Перри[10]. Бентсен и Макларти также покинули свой пост в 1994 году, и их заменили Рубин и Панетта соответственно[11].
После переизбрания Клинтона Панетта ушёл в отставку, и его заменил бывший заместитель главы администрации Эрскин Боулз[12]. Мадлен Олбрайт стала первой женщиной-государственным секретарем, Сэнди Бергер сменил Лейк на посту советника по национальной безопасности, а бывший сенатор-республиканец Уильям Коэн стал министром обороны[13]. По словам репортёра Джона Харриса, близкие отношения Бергера с Клинтоном сделали его ведущей внешнеполитической фигурой второго срока Клинтона, а также самым влиятельным советником по национальной безопасности со времён Генри Киссинджера[14]. Джон Подеста занял пост начальника штаба в 1998 году, а Лоуренс Саммерс сменил Рубина на посту министра финансов в 1999 году[15].