В марте 1994 года Перри совершил поездку в Россию, Белоруссию, Украину и Казахстан. Обсуждалась ликвидация бывшего советского ядерного оружия на территории Белоруссии, Украины и Казахстана. 17 марта 1994 Перри в Москве встретился с министром обороны РФ Павлом Грачевым. В этот же день состоялись встречи и переговоры Уильяма Перри с первым заместителем министра обороны РФ Андреем Кокошиным и начальником Генерального штаба ВС РФ генерал-полковником Михаилом Колесниковым[3].
В январе 1995 года публично выступил в поддержку программы Нанна — Лугара, сообщив о снятии 2600 советских ядерных боеголовок с носителей (ракет и самолетов) и перевозке 900 боеголовок из Белоруссии, Украины и Казахстана в Россию. Также он рассказал о «проекте Сапфир» — вывозе американцами из Казахстана 600 тонн высокообогащённого урана. Перри сказал: «Советский ядерный комплекс подобен гидре — многоглавому чудовищу из греческой мифологии. Бесполезно просто отсекать боеголовки, нужно уничтожить само чудовище, иначе появятся новые боеголовки»[4].
В апреле 1995 года Перри совершил поездку по постсоветским республикам по маршруту Киев — Москва — Алма-Ата — Ташкент.
В 1996 году Перри посетил учения «Щит мира-96» на Украине. Затем он посетил уничтоженную ракетную базу около города Первомайск в Николаевской области. Там 4 июня 1996 года состоялась встреча Перри, министра обороны России Павла Грачёва и министра обороны Украины Шмарова. Было объявлено, что на территории Украины не осталось ни одного ракетно-ядерного боеприпаса.
В октябре 1996 года Перри приезжал в Москву, где выступил перед депутатами Думы, пытаясь убедить их ратифицировать договор СНВ-2[6].
26 августа 2014 года опубликовал статью, написанную совместно с Джорджем Шульцем, в которой рекомендовал поддержать Украину поставками вооружений и подготовкой войск и усилить санкции против России[7].