После окончания института служил в Киеве инженером при Городской управе. С 1898 года занимал должность архитектора Киевской епархии, с 1899 — также архитектора Киево-Печерской лавры.
С началом первой мировой войны Ермакова мобилизовали для выполнения работ военного ведомства. В Золотоноше и Прилуках по его проектам возведены здания для госпиталей со всем оборудованием на 2500 человек каждый.
↑Барановский Г. В.Ермаков, Евгений Фёдорович // Юбилейный сборник сведений о деятельности бывших воспитанников Института гражданских инженеров (Строительного училища). 1842—1892. — СПб.: Типо-Литография Н. Л. Пентковского, 1893. — С. 112.
↑Незабытые могилы. Российское зарубежье: некрологи 1917–1997 в шести томах. / Сост. В. Н. Чуваков. — Том 2. Г–З. — Москва, 1999. — С.498.
↑Інститут енциклопедичних досліджень НАН України.Єрмаков Євген Федорович(укр.). Енциклопедія Сучасної України. Дата обращения: 4 мая 2020. Архивировано 22 июня 2020 года.
Сіткарьова О. Архітектура Києво-Печерської лаври кінця XVIII — ХХ століття (укр.). — Киев, 2001.
Мокроусова О. До проблем атрибуції архітектурних об'єктів Києва: нові знахідки (укр.) // Київ і кияни: матеріали щорічної науково-практичної конференції. — Киев, 2007. — Вип. 7. — С. 160–174.