Родился и начинал играть в хоккей в городе Тольятти. В семнадцать лет Емелин попал в состав самарского ЦСК ВВС, который выступал в высшей лиге. Когда ему исполнилось восемнадцать лет, хоккеист дебютировал в основном составе тольяттинской «Лады». За три сезона, отыгранные за «Ладу», провёл 110 матчей в Суперлиге, набрав 21 очко. Он выделялся агрессивным стилем игры и за эти три сезона набрал почти 300 минут штрафа.[источник не указан 729 дней] В 2004 году привлекался в юниорскую сборную России, в составе которой выиграл золото чемпионата мира среди юниоров. В том же году на драфте НХЛ Емелина выбрал «Монреаль Канадиенс» под общим 84-м номером.
В 2006 году Емелин получил пятиматчевую дисквалификацию за нанесение тяжёлой травмы капитану магнитогорского «Металлурга» Евгению Варламову[2]. Варламов, бросив шайбу после остановки игры, случайно попал в Емелина. Подъехав, чтобы извиниться, Варламов получил от него удар в переносицу. Против Емелина хотели возбудить уголовное дело, но всё закончилось дисквалификацией[3].
В 2007 году Емелин перешёл в казанский «Ак Барс», за который выступал следующие четыре сезона в Суперлиге и КХЛ, став в его составе двукратным обладателем Кубка Гагарина. 14 марта 2009 года в третьем матче серии против омского «Авангарда» Емелин подрался с Александром Свитовым. В результате пропущенных ударов получил оскольчатый перелом лицевой кости, а орбитальную кость пришлось укрепить четырьмя титановыми пластинами[4]. После этого случая хоккеист после своих жестких силовых приемов вынужден избегать драк.[источник не указан 729 дней]
В 2011 году подписал двухлетний контракт на $4 млн с клубом НХЛ «Монреаль Канадиенс», которым был задрафтован[5]. Во время локаута в НХЛ в сезоне 2012/13 выступал в составе «Ак Барса»[6]. 31 октября 2013 года подписал с «Канадиенс» новый четырёхлетний контракт до конца сезона 2017/18 на сумму $16,4 млн[7][8].
Перед сезоном 2018/19 вернулся в КХЛ, подписав трёхлетний контракт с «Авангардом». Дебютировал в новом клубе 10 сентября 2018 года в матче против «Нефтехимика» (4:2). Первое очко набрал уже во второй игре против «Ак Барса», отметившись результативной передачей, а «Авангард» победил по буллитам. В сезоне 2020/21 стал обладателем Кубка Гагарина[12]. 30 апреля 2022 года покинул клуб[13].
26 июля 2022 года подписал годичный контракт с минским «Динамо»[14]. 19 декабря 2022 года расторг контракт с клубом[15]. 19 декабря 2022 года перешёл в московский «Спартак», заключив контракт до конца сезона 2022/23[16]. По окончании сезона покинул клуб[17]. В сезоне 2022/23 Емелин провёл 59 матчей, сделав 12 результативных передач.
Достижения
Чемпион мира 2012 года.
Серебряный призёр чемпионата мира 2010 года.
Двукратный бронзовый призёр чемпионата мира в 2007 и 2016 гг.
Трёхкратный обладатель Кубка Гагарина (2008/09 и 2009/10) в составе «Ак Барса» и (2020/21) в составе «Авангарда»
В октябре 2020 года Валентина Емелина заявила, что в августе 2019 года Алексей ей изменил, и в феврале 2020 года они развелись после 18 лет совместной жизни[21].
В марте 2022 года было объявлено, что у Емелина и его второй жены Евгении родилась дочь Николь[22].