Награждён Макариевской премией за сочинение «Благовестие христианской свободы в послании Святого Апостола Павла Галатам».
После смерти профессора Лопухина, с 14 октября 1904 года вплоть до 1911 года состоял редактором и цензором «Православной богословской энциклопедии».
В 1905 году был избран членом епархиальной Комиссии по подготовке к Всероссийскому Поместному собору Российской церкви, а затем был привлечён к работе Комиссии по выработке нового устава духовных академий. В 1907—1908 годах работал в особых Совещаниях по вопросу о реформе Духовных школ и органов церковного управления. В 1907 году выпустил книгу «По вопросам духовной школы средней и высшей и об учебном комитете при Святейшем Синоде».
С 1911 года — постоянный член училищного совета при Святейшем Синоде. По поручению Святейшего Синода занимался исправлением перевода книг Нового Завета на русский язык, был редактором в журналах «Церковный вестник» и «Христианское чтение», сотрудником «Православной Богословской энциклопедии»; по смерти А. П. Лопухина стал её редактором. Ряд статей в энциклопедии были написаны им самим.
В 1914 году Святейший Синод поручил ему редактирование «Справочного и объяснительного словаря к Новому Завету» П. А. Гильтебрандта.
В 1918 году читал лекции в Швеции в Стокгольмском университете, затем вернулся в Россию и в 1919 году работал в новообразованном Петроградском богословском институте, а также в период с 1919 по 1921 годы исполнял должность архивиста, архивариуса и редактора в бывшем Синодальном архиве.
27 ноября1920 года женился на Анастасии Васильевне Нечаевой, вдове профессора А. П. Лебедева.
В эмиграции
В 1921 году вместе с женой выехал в Финляндию, оттуда в Германию, затем в Чехословакию, в Прагу, где занял должность профессора в университете.
Скончался 18 марта1937 года от болезни почек. Чин отпевания в кафедральном соборе Святой Недели 20 марта совершил митрополит Софийский Стефан (Шоков) (в схизме; впоследствии Экзарх), который в надгробной речи «назвал Николая Никаноровича Глубоковского величайшим авторитетом в библейской экзегетике православной богословской науки, любящим и верным сыном Церкви, могучим столпом Православия»[3].
Издал около сорока крупных работ и множество статей. Многие его труды остались неизданными: например, обзор «Русское богословие» и некоторые другие.
«Библейский словарь», над которым богослов трудился с перерывами всю жизнь и считавшийся в России утраченным, был впервые издан в 2007 году к 70-летию со дня его кончины[4].
Вдова Глубоковского передала его личную библиотеку Священному синоду Болгарской православной церкви; книги погибли во время второй мировой войны в огне вместе с большей частью прочих книг синодальной библиотеки[3].
35-летие ученой деятельности профессора Николая Никаноровича Глубоковского. — София.: Русская академическая группа в Болгарии. — 1925
Чекан А. Профессор Глубоковский. К юбилейному — 40 году научной и церковно-общественной деятельности // Вестник Русского Студенческого Движения. — 1929. — № 11. — С. 19—22
Лаговский И. Заслуженный профессор доктор богословия Н. Н. Глубоковский // «Вестник». Орган церковно общественной жизни. Издательство Русского студенческого христианского движения. Париж. — 1937. — № 3-4. — С. 17—21
Богданова Т. А. Н. Н. Глубоковский: исход из «Петроградского Египта» // «Зарубежная Россия». 1917—1939. Сб. статей. Кн. 2 — СПб.: Издательство «Лики России». — 2003. — С. 153—159
Даниленко Б. Путь ревнителя церковной науки // «Церковный вестник». Официальное издание Русской Православной Церкви. — 2003. — № 24 (277)
Казански Н. Патриарх русского богословия в Болгарии // «Русская газета в Болгарии». — № 42 (61). — 14 октября 2004.
Богданова Т. А. Н. Н. Глубоковский: путь церковного учёного (по архивным материалам) // «Мир русской византинистики: материалы архивов Санкт-Петербурга» / под ред. И. П. Медведева. — СПб., 2004. — С. 119—171.
Ратиев Л. А. Воспоминания о профессоре Глубоковском Н. Н. // «Русская газета в Болгарии». — № 42 (61). — 14 октября 2004.
Клементьев А. К. Судьба и служение Н. Глубоковского // Новый журнал. — Нью-Йорк. — 2005. — № 238.
Клементьев А. К. Юбилейные торжества в Санкт-Петербурге: Судьба и служение Николая Никаноровича Глубоковского (Вологда — Петербург — София) // «Берега». Информационно-аналитический сборник о «Русском зарубежье». — СПб.: ИКЦ «Русская эмиграция» — 2005. — № 4. — С. 83—85