23 января1992 года был подписан приказ о создании военно-воздушных сил Литвы.
В феврале 1993 года вечером на день независимости в своей квартире расстрелян Начальник штаба ВВС Литвы Rolandas Banionis. Официальная версия - самоубийство. Однако по другой версии, он не давал разграбить аэродром под Шауляем.[источник не указан 2861 день].
В феврале 1993 года из Киргизии были получены четыре учебно-тренировочных самолёта L-39С «Albatros».
30 марта 2004 года началось патрулирование воздушного пространства Латвии, Литвы и Эстонии истребителями НАТО (Operation Baltic Air Policing). В рамках операции на литовской авиабазе Зокняй постоянно размещены четыре тактических истребителя (две дежурные пары) и авиатехническая группа НАТО (120 военнослужащих и гражданских специалистов). Стоимость осуществления операции составляет 20 миллионов долларов в месяц[4].
В 2006 году был подписан контракт с итальянской компанией «Alenia Aeronautika» на поставку трёх военно-транспортных самолётов C-27J Spartan общей стоимостью 258,75 миллиона литов, первый самолёт был получен уже в декабре 2006 года, второй в начале 2009 года и третий — осенью 2009 года[5]. При этом оплату по контракту было разрешено произвести в рассрочку до 2011 года.
30 августа 2011 года во время учений на военной авиабазе Зокняй самолёт L-39ZA военно-воздушных сил Литвы столкнулся с французским истребителем Mirage 2000 и разбился возле озера Рекива в Шяуляйском районе. Оба лётчика успешно катапультировались[6]. Французский самолёт дотянул до базы и успешно сел.
В ноябре2021 года стало известно, что последний учебно-тренировочный самолёт L-39ZA был списан из-за неисправной силовой установки, на ремонт которой не смогли найти денег, и будет бесплатно передан ВВС Украины в качестве "помощи". По данным СМИ, он не был в воздухе с 2019 года.[7]
Структура
Штаб ВВС Литвы, Каунас (лит.Lietuvos kariuomenės karinių oro pajėgų Štabas)
Авиационная база
(лит.Lietuvos kariuomenės karinių oro pajėgų Aviacijos bazė)
Транспортная эскадрилия — обеспечивает перевозку по воздуху войск, боевой техники и грузов, а также выброску воздушных десантов. Выполняет внезапные задачи в мирное время при возникновении как чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера.
Вертолётная эскадрилия — предназначена для авиационной поддержки сухопутных подразделений, в мирное время выполняет функции спасательной службы.
Ремонтное депо техники и вооружения — обеспечивает материально-техническое обслуживание и ремонт воздушной и зенитно-ракетной техники в интересах военно-воздушных сил.
Противовоздушная оборона
Предназначена для защиты от средств воздушного и ракетного нападения, также для наблюдения за воздушным пространством Литвы.
Управление наблюдения и контроля воздушного пространства — основной оператор радарного наблюдения в Литве, выполняющий функции по наблюдению, идентификации и фиксации объектов в воздушном пространстве Литвы. (лит.Lietuvos kariuomenės karinių oro pajėgų Oro erdvės stebėjimo ir kontrolės valdyba)
Полк противовоздушной обороны — боевой зенитно-ракетный элемент системы ПВО, защищает воздушное пространство. (лит.Lietuvos kariuomenės karinių oro pajėgų Oro gynybos pulkas)