В июле 1918 года был избран председателем комитета бедноты деревни Дубровки.
В декабре 1918 года призван в Красную Армию, после чего был направлен красноармейцем в запасной батальон, дислоцированный в Витебске. В марте 1919 года был направлен на учёбу на 1-е Витебские пехотные командные курсы, после окончания которых в июне того же года был назначен на должность командира взвода курсантов на Витебских, а затем — на должность командира взвода курсантов на Смоленских курсах.
В августе 1919 года Борейко был назначен на должность командира роты 1-го отдельного стрелкового батальона на Южном фронте, в составе которого принимал участие в боевых действиях против белых войск под командованием А. И. Деникина. В январе 1920 года возвращён на курсы и завершил там свою учёбу.
С февраля 1920 года проходил службу в составе 15-го запасного стрелкового полка (Западный фронт), дислоцированного в Дорогобуже на должностях помощника командира роты, командира взвода и помощника заведующего оружием полка.
Межвоенное время
После окончания войны 15-й запасной стрелковый полк был преобразован в 163-й стрелковый полк в составе 53-й отдельной запасной стрелковой бригады, где Борейко служил на должности командира роты.
В октябре 1921 года был направлен на учёбу в школу комсостава «Выстрел», после окончания которой в ноябре 1922 года был назначен на должность командира взвода 31-х Смоленских командных курсов, в августе 1923 года — на должность начальника пулемётной команды этих курсов, в мае 1924 года — на должность командира роты, а затем — на должность командира батальона 15-го стрелкового полка 5-й стрелковой дивизии в составе Белорусского военного округа (Полоцк).
В августе 1941 года был назначен на должность командира 50-й стрелковой дивизии, а в октябре того же года был тяжело ранен в Вяземском котле. Вышел из окружения в ноябре, несколько месяцев лечился в госпиталях.
Указом Президиума Верховного Совета СССР «О присвоении звания Героя Советского Союза генералам, офицерскому, сержантскому и рядовому составу Красной Армии» от 15 января 1944 года «За образцовое выполнение боевых заданий Командования по форсированию реки Днепр и проявленные при этом отвагу и геройство» гвардии генерал-майору Аркадию Александровичу Борейко присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 1573)[3].
В феврале 1944 года Борейко был вторично ранен, после чего был направлен на излечение в военно-клинический санаторий «Архангельское». По выздоровлении в апреле был откомандирован на учёбу в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова, после окончания которой 5 мая 1945 года был назначен на должность командира 16-го гвардейского стрелкового корпуса. Принимал участие в уничтожении последних немецких группировок в Восточной Пруссии.
Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1987. — Т. 1 /Абаев — Любичев/. — 911 с. — 100 000 экз. — ISBN отс., Рег. № в РКП 87-95382.
Коллектив авторов. Великая Отечественная: Комкоры. Военный биографический словарь / Под общей редакцией М. Г. Вожакина. — М.; Жуковский: Кучково поле, 2006. — Т. 1. — С. 88—89. — ISBN 5-901679-08-3.
Великая Отечественная. Комдивы : военный биографический словарь / [Д. А. Цапаев и др. ; под общ. ред. В. П. Горемыкина] ; М-во обороны Российской Федерации, Гл. упр. кадров, Гл. упр. по работе с личным составом, Ин-т военной истории Военной акад. Генерального штаба, Центральный архив. — М. : Кучково поле, 2014. — Т. III. Командиры стрелковых, горнострелковых дивизий, крымских, полярных, петрозаводских дивизий, дивизий ребольского направления, истребительных дивизий (Абакумов — Зюванов). — С. 311—313. — 1102 с. — 1000 экз. — ISBN 978-5-9950-0382-3.