В начале апреля 1941 года из-за нападения нацистской Германии на Югославию занятия в Битольской Духовной семинарии прекратились. 10 апреля здание семинарии заняла немецкая часть, потом немецкий военный госпиталь и, наконец, болгарская полиция. В середине мая 1941 года все преподаватели семинарии уехали из Битоля в Сербию. На момент расформирования в семинарии числились 15 преподавателей и около 400 учащихся[2].