20 августа 1945 года был включён в состав советского атомного проекта. В Постановлении Государственного комитета обороны № 9887сс/оп «О Специальном комитете (по использованию атомной энергии) при ГКО» он был назначен на должность учёного секретаря технического совета[12]. В рамках проекта участвовал в создании Лаборатории № 3 Академии наук СССР (ИТЭФ), готовил создание института в комиссии в составе Б. Л. Ванникова, Н. А. Борисова и А. И. Алиханова. Готовый проект Постановления СНК СССР «Об организации Лаборатории № 3 Академии наук СССР» № 3010-895сс от 1 декабря 1945 года был откорректирован И. А. Бенедиктовым[13].
Первая жена — Анна Григорьевна Прокофьева (р. 1901), развелись в 1945 г. Сын — Алиханов Рубен Абрамович (р. 1926) — физик. Дочь — Прокунина (Алиханова) Седа Абрамовна (р. 1933) — редактор в Издательство иностранной литературы.
Вторая жена — Слава Соломоновна Рошаль (1916—2016), скрипачка, лауреат Всесоюзного конкурса музыкантов-исполнителей. Сын — Тигран Абрамович Алиханов (1943—2023), советский и российский пианист, профессор Московской консерватории, народный артист Российской Федерации. Дочь — Алиханова Евгения Абрамовна (р. 1949), советская и российская скрипачка, первая скрипка ансамбля «Московский струнный квартет», с 1991 г. работает в США.
Принимал участие в создании первых советских ядерных реакторов, был руководителем тяжеловодного направления в ядерных реакторах. В 1949 году в рекордно короткий срок, менее двух лет, под его руководством был построен первый в СССР исследовательский реактор на тяжелой воде[16]. Под его научным руководством был пущен в 1951 году первый промышленный тяжеловодный реактор для наработки урана 233, трития и плутония (http://elib.biblioatom.ru/text/kruglov_shtab-atomproma_1998/go,32/).
↑Атомный проект СССР: документы и материалы / Под общ. ред. Л. Д. Рябева. — Наука, 1998. — Т. 1. — С. 313.«Алиханов Абрам Исаакович — член-корреспондент Академии наук. Беспартийный. Армянин. Год рождения 1904.»
Храмов Ю. А. Алиханов Абрам Исаакович // Физики : Биографический справочник / Под ред. А. И. Ахиезера. — Изд. 2-е, испр. и доп. — М. : Наука, 1983. — С. 10. — 400 с. — 200 000 экз.
Богуненко Н. Н., Пелипенко А. Д., Соснин Г. А.Белов Анатолий Сергеевич // Герои атомного проекта. — Саров: Росатом, 2005. — С. 43—44. — ISBN 5-9515-0005-2.