Первый аэропорт был построен на Фарерских островах британцами во время Второй мировой войны. Однако регулярное воздушное сообщение островов с Данией начинается лишь в 1963 году. На протяжении почти 25 лет положение монопольного авиаперевозчика занимала датская Maersk Air.
Разговоры о создании национального авиаперевозчика начали возникать в начале 80-х годов. Реально же компания Atlantic Airways была создана в 1987 году. 51% компании принадлежал правительству островов, 49% датской авиакомпании Cimber Sterling. Но уже 2 года спустя последняя выходит из капитала Atlantic Airways и весь контроль над авиаперевозчиком переходит в руки правительства Фарерских островов. 28 марта 1988 года начались авиарейсы в Копенгаген самолётами BAe 146.
Цель создания национального перевозчика состояла в обеспечении связи Фарерских островов с внешним миром на коммерческой основе. Однако первые годы существования компании были тяжёлыми в финансовом плане. В результате в 1992 году правительству островов пришлось выделять субсидии для спасения компании от банкротства. Прибыльной авиакомпания смогла стать только к 1995 году.
Рост сферы туризма позволил наладить авиасообщения с Ольборгом, Ставангером, Эдинбургом и Стордом. От последнего направления правда пришлось отказаться уже в 2006 году, а Эдинбург был заменён на Шетландские острова. Компания также вышла на рынок внутренних перевозок Великобритании, соединив Шетландские острова с Лондоном. Atlantic Airways была единственной компанией, осуществлявшей прямое авиасообщение Шетландских островов с Лондоном. Это направление было свёрнуто в 2008 году.
Atlantic Airways также осуществляет внутренние перевозки на Фарерских островах вертолётами. Это зачастую является единственным быстрым способом транспортного сообщения отдельных островов.
Выручка компании в 2008 году составила DKK 546,836 млн, что на 1,5% выше уровня 2007 года. 62,6% доходов принесли чартерные рейсы, 36,2% — международные рейсы, 1,2% — внутренние перевозки вертолётом.
