Католическая церковь развила активную миссионерскую деятельность в Азии после образования испанских и португальских колоний. В 1493 году Римский папа Александр VI поделил открытые земли между Португалией и Испанией и доверил миссионерскую деятельность различным монашеским орденам.
Начиная с 1549 года, когда в Японию прибыл иезуит Франциск Ксаверий, католицизм стал постепенно распространяться на Японском архипелаге. К концу XVI века, когда в Японии усилилось политическое движение под руководством Тоётоми Хидэёси, там уже было несколько сотен тысяч католиков.
Гонения на католиков начались в 1587 году. Тоётоми Хидэёси использовал преследования христиан как ответ на экспансию европейских государств. По приказу Тоётоми Хидэёси были арестованы 26 католиков, которые были казнены 5 февраля 1597 года. Арестованных христиан привезли в город Мияко, где по приговору им должны были отрубить уши и носы, однако приговор был смягчён и им отрезали только часть левых ушей. Затем их провели по улицам города, чтобы их вид заставил христиан отказаться от веры. Их лишили жизни одновременно, распяв на крестах. Поначалу их приковали к крестам на земле, которые потом воткнули в землю в ряд на расстоянии нескольких метров друг от друга. Потом каждого из них проткнули копьём. После казни их одежда и оставшаяся кровь были собраны местными католиками и их стали сразу же почитать святыми, приписывая им многочисленные чудеса.
Несмотря на массовые преследования католиков, европейские миссионеры, среди которых были голландские протестанты и члены Католической церкви, продолжали подпольно распространять христианство в Японии, что увеличило число японских мучеников в последующие годы. В ответ на это европейские государства предпринимали различные попытки повлиять на эту ситуацию разнообразными способами, что привело в 1630-х годах к изоляционной политике японских властей. После выдворения европейских миссионеров из Японии в 1620 году жизнь местной Католической церкви стала постепенно затухать. После подавления восстания Симабара в 1638 году японское христианство, ранее активное и многочисленное, почти прекратило своё существование, оставив после себя только несколько подпольных общин и отдельных криптохристиан. Возродилось оно только в эпоху Мэйдзи.
