Храм Алексия человека Божия построен в Красном селе в 1853 году, в одном из старейших подмосковных поселений, существовавшем уже в XII—XIII веках. Первые летописные упоминания о Красном селе относятся к 1480 году. Село было расположено у древней Стромынской дороги, которая шла из Москвы в село Стромынь и далее во Владимир и Суздаль[1]. Своё название село получило по расположенному в нём Великому (Красному) пруду, площадь которого равнялась площади Московского Кремля (23 га).
К началу XVII века село стало большим и густонаселённым. В записях шведа Петра Петрейя, побывавшего в Москве в 1608—1611 годах, говорится, что «близ Москвы лежит большая деревня, в которой до 700 крестьян и ремесленников, она называется Красное село»[2]. В середине XVIII века село вошло в черту города и стало окраиной Москвы.
Центральным храмом как Алексеевского, так и Ново-Алексеевского монастыря являлся храм Алексия человека Божия. В Алексеевском монастыре это был построенный в 1634 году двухшатровый храм — шедевр архитектуры XVII века. Для его возведения были приглашены ведущие русские архитекторы того времени Антип Константинов и Трифон Шарутинов. Через два года они принимали участие в возведении Теремного дворца. Алексеевский храм был разобран в 1838 году, во время подготовительных работ, предшествовавших строительству храма Христа Спасителя.
В 1853 году в самом центре монастырских земель Ново-Алексеевского монастыря был построен храм преподобного Алексия, человека Божия. Автором его проекта стал московский архитектор Михаил Быковский. По его же проекту монастырь был обнесён стеной с башнями.
Храм с восточной стороны завершается полуциркульными апсидами, а в центре западного фасада расположен ризалит. Храм венчает огромный купол на широком световом барабане, высота которого практически равна высоте основного объёма.
Внешняя отделка храма выполнена по мотивам древнерусского зодчества XVI—XVII веков. Фасады храма украшены декоративными колонками с дыньками, а завершаются они развитой системой килевидных аттиков разной величины. Барабан храма украшен декоративными аттиками и арками аркатуры, имеющими аналогичное килевидное завершение.
В 1899 году по проекту архитектора Александра Латкова была произведена реконструкция храма. Располагавшаяся с западной стороны храма открытая паперть была встроена в его основной объём. Внутри храма были перестроены хоры, а в западной их части было оборудовано помещение для ризницы. Деревянный пол храма заменил пол, выложенный метлахской плиткой. С. Л. Конюховым был изготовлен новый иконостас, на котором были размещены новые иконы работы Т. И. Тюрина. Художником Е. Чернышевым были расписаны купола и верхние части северной и южной стен[5].
Здание храма Всех Святых использовалось под архив и как производственное помещение. Самый древний из четырёх — Крестовоздвиженский храм стал частью административного здания ВНИРО (Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии). Алексеевский храм был переоборудован под дом пионеров, а на месте бывшего монастырского кладбища был устроен пионерский парк. В 1970-е годы храм Архистратига Михаила был снесён, а его место занял жилой дом. Во второй половине 1980-х годов по бывшему кладбищу была проложена автомагистраль, в настоящее время являющаяся частью третьего транспортного кольца.
Возрождение храма
В 1991 году Алексеевский храм был передан Русской православной церкви. С этого времени в храме начали восстановительные работы. 25 ноября 2002 года в Алексеевском храме были возобновлены богослужения. Первоначально он действовал как приписной храма Всех Святых. В марте 2006 года при храме преподобного Алексия человека Божия было учреждено Патриаршее подворье с приписным храмом Воздвижения Креста Господня[5].
Протоиерей Дмитрий Шалаев — окончил Московскую духовную академию в 1998 году. Имеет церковные награды: медаль преподобного Сергея Радонежского II степени.