Издревле Хиго была частью Хи но Куни (яп.火国, «страна огня», позже переименованная в 肥国), прото-государственного образования племён кумасо, которое после завоевания яматосцами было разделено в VII веке на две административные единицы — Хиго (яп.肥後, «заднее Хи») и Хидзэн (яп.肥前, «переднее Хи»). Правительственный центр провинции Хиго находился в современном городе Кумамото.
В XIV веке провинция Хиго была разделена между родами Асо, Сора и Кикути. После утверждения сёгуната Муромати род Кикути смог удержать власть на юге провинции. Роды Асо и Сора контролировали северные земли Хиго, однако из-за изнурительных войн в XVI веке были поглощены родом Отомо, правителями соседней провинции Бунго.
После объединения Японии в 1590 годуТоётоми Хидэёси провинция Хиго была разделена между его вассалами — христианином Кониси Юкинагой и фанатичным буддистом Като Киёмасой. Первый приложил усилия к развитию торговли и распространению христианства, а второй занимался исключительно военными делами, преимущественно строительством замков.
