Эдди Харрис родился и вырос в Чикаго. Его отец был родом с Кубы, а мать — из Нового Орлеана. Поначалу Эдди обучался музыке в средней школе ДюСейбл (DuSable High School), как и многие успешные чикагские музыканты: Нэт Кинг Коул, Дина Вашингтон, Клиффорд Джордан, Джонни Гриффин, Джин Эммонс, Джулиан Пристер, Бо Диддли и другие. Позже он изучал музыку в Университете Рузвельта и к тому времени был уже мастером игры на фортепиано, вибрафоне и тенор-саксофоне. В колледже он профессионально выступал с Джином Эммонсом.
После колледжа Харрис был призван в армию Соединённых Штатов и во время службы в Европе принят в оркестр 7-й армии, в котором состояли также Дон Эллис, Лео Райт и Сидар Уолтон.
Оставив военную службу, Эдди Харрис работал в Нью-Йорке, а затем вернулся в Чикаго, где подписал контракт с Vee-Jay Records. Первый альбом музыканта Exodus to Jazz, записанный в их студии, включал его собственную джазовую аранжировку на тему Эрнеста Голда из фильма 1960 года «Исход». Сокращённая версия этого трека была воспроизведена на радио и стала первой джазовой записью, которая когда-либо была отмечена золотом.
Сингл "Exodus" поднялся в американском рейтинге Billboard Hot 100 и достиг 16-й позиции в чарте R&B США. В 1964 году Харрис стал записываться в Columbia Records, а в следующем году — в Atlantic Records. В том же 1965-м в Atlantic выпустили боп-альбом музыканта The In Sound, который покорил многих критиков творчества Харриса.
В течение следующих нескольких лет Харрис играл на электрическом пианино и электронном саксофоне Varitone[3], а также исполнял смесь джаза и фанка, которые хорошо продавались как на рынках джаза, так и ритм-энд-блюза. В 1967-м его альбом The Electrifying Eddie Harris занял второе место в чартах R&B. Ведущий трек альбома "Listen Here" был выпущен в виде сингла, поднявшись на 11-е место в чарте R&B и на 45-е место в Hot 100. За годы Харрис выпустил несколько разных версий этой композиции, включая как студийные, так и концертные записи. На 11-й ежегодной премии «Грэмми» в 1968 году Эдди был номинирован на лучшее инструментальное джазовое выступление для небольшой группы или солиста с небольшой группой за альбом The Electrifying Eddie Harris[4].
В 1969 году он выступал с пианистом и вокалистом Лесом МакКенном на Джазовом фестивале в Монтрё. Хотя музыкантам не удалось отрепетировать, их сессия настолько впечатлила, что запись была выпущена Atlantic Records под названием Swiss Movement. Она стала одним из самых продаваемых джазовых альбомов за всю историю и была номинирована на 13-ю ежегодную премию «Грэмми» (1970) за лучшее джазовое выступление небольшой группы или солиста с небольшой группой для альбома[4].
Харрису также пришла в голову идея о так называемой тростниковой трубе (англ.reed trumpet) — трубе с мундштуком от саксофона; впервые он сыграл на ней на джазовом фестивале в Ньюпорте. В 1970-х Эдди переехал из Чикаго в Лос-Анджелес. С 1970 по 1975 год он экспериментировал с новыми инструментами собственного изобретения (тростниковой трубой, саксобоном (саксофоном с мундштуком для тромбона), гитарорганом (или гиторганом) — комбинацией гитары и органа), чем вызвал негодование со стороны музыкальных критиков[5], пел блюз, джаз-рок (записал альбом со Стивом Уинвудом, Джеффом Беком, Альбертом Ли, Риком Гречем, Зутом Мани, Иэном Пейсом и другими рокерами). Он также начал исполнять комические R&B-блюзовые песни, такие как "That is Why You're Overweight" и "Eddie Who?".
Однако в 1975 году он оттолкнул некоторых своих слушателей альбомом The Reason Why I'm Talking S--t, который состоял в основном из шуточных песенок[6]. После более 12 лет сотрудничества с Atlantic Records Эдди покинул звукозаписывающую компанию, выпустив в 1977-м свой последний альбом под этим лейблом. Затем он подписал контракт с RCA Records и записал два альбома.
Эдди Харрис умер от хронической сердечной недостаточности в Лос-Анджелесе 5 ноября 1996 года в возрасте 62 лет[7].