Работал учителем истории в гимназии № 2 г. Воронежа.
В 1994 году стал директором музея истории Воронежского государственного университета.
В 1995 году в Воронежском государственном университете под научным руководством В. П. Загоровского защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по теме диссертации: «Состав правящих кругов Российского государства и проблемы изучения „Избранной Рады“» (специальность 07.00.02 — Отечественная история)[3].
В 1995—2001 годах — преподаватель кафедры истории Воронежского государственного университета.
В ноябре 2015 года удостоен Макарьевской премии в номинации «История России» за монографию «Изобретая первую войну России и Европы: Балтийские войны второй половины XVI века глазами современников и потомков»[5].
Научная деятельность
В кандидатской диссертации выступил автором концепции (вслед за И. И. Смирновым и А. Н. Гробовским), отрицающей реальность существования правительства «Избранной рады», считающей сведения о ней политическим мифом. В работах 2001—2014 годов предложил новый взгляд на Ливонскую войну (1558—1583): подверг критике концепцию войны за выход России к Балтийскому морю (считал, что со стороны России война шла за земли и города). Предложил трактовать Ливонскую войну как конструкт, созданный в XIX веке Н. М. Карамзиным и последующими историографами. Вместо этого термина предложил ввести понятие «Балтийские войны», под которыми следует понимать серию локальных конфликтов за обладание Прибалтикой во второй половине XVI века.
Автор более 300 научных и учебно-методических работ, изданных в России, Украине, Белоруссии, Польше, Германии, США, Великобритании, Греции, Литве, Эстонии, Латвии.
Титулы русских государей. — М.; СПб.: Альянс-Архео, 2006. — 256 с. — 300 экз. — ISBN 5-98874-011-1. (1-е издание), Нью-Йорк, 2008.
Филюшкин А. И. Андрей Михайлович Курбский: Просопографическое исследование и герменевтический комментарий к посланиям Андрея Курбского Ивану Грозному. — СПб.: Изд-во СПбГУ, 2007. — 624 с. — 1000 экз. — ISBN 978-5-288-04251-5.
Изобретая первую войну России и Европы: Балтийские войны второй половины XVI века глазами современников и потомков. — СПб.: Дмитрий Буланин, 2013. — 880 с. — (Studiorum Slavicorum Orbis). — 1000 экз. — ISBN 978-5-86007-726-3.
Закат северных крестоносцев: «Война коадъюторов» и борьба за Прибалтику в 1550-е годы. — М.: Русские витязи, 2015. — 72 с. — (Ратное дело). — 1200 экз. — ISBN 978-5-9906036-6-0.
Филюшкин А. И., Кузьмин А. В. Когда Полоцк был российским: Полоцкая кампания Ивана Грозного 1563—1577. — М.: Русские витязи, 2017. — 176 с. — (Ратное дело). — 1000 экз. — ISBN 978-5-9909607-4-9.
Цели похода Тимура на Русь: дискурсы источников и стереотипы историографии // Тюркологический сборник. 2002. Россия и тюркский мир. — М.: Восточная литература, 2003. — С. 354—368.
Проблема генезиса Российской империи // Новая имперская история постсоветского пространства. — Казань: Центр исследований национализма и империи, 2004. — С. 375—408.
Филюшкин, Александр Ильич. Состав правящих кругов Российского государства в середине XVI века и проблемы изучения «Избранной Рады» : дисс. … канд. ист. наук : 07.00.02. — Воронеж, 1995. — 333 с.
Филюшкин, Александр Ильич. Состав правящих кругов Российского государства в середине XVI века и проблемы изучения «Избранной Рады» : автореф. дис. … канд. ист. наук : 07.00.02 / Воронеж. гос. ун-т. — Воронеж, 1995. — 21 с.
↑* Филюшкин, Александр Ильич. Андрей Михайлович Курбский: просопографическое исследование и герменевтический комментарий к посланиям Андрея Курбского Ивану Грозному : дисс. … д-ра исторических наук : 07.00.02 / Филюшкин Александр Ильич; [Место защиты: С.-Петерб. гос. ун-т]. — Санкт-Петербург, 2007. — 868 с. + Прил. (с. 454—868).
Филюшкин, Александр Ильич. [1]Архивная копия от 20 сентября 2022 на Wayback Machine Андрей Михайлович Курбский: просопографическое исследование и герменевтический комментарий к посланиям Андрея Курбского Ивану Грозному : автореф. дис. … д-ра ист. наук : 07.00.02 / Филюшкин Александр Ильич; [Место защиты: С.-Петерб. гос. ун-т. — Санкт-Петербург, 2007. — 30 с.