В 1922 году в связи с неясностью происходящих событий и давлением советских органов уклонился в обновленческий раскол. 15 июля 1922 года записался в группу «Живая церковь»[1]
В своём покаянном заявлении в адрес Патриарха Тихона от 15 сентября 1923 года писал: «В мае 1922 ВЦУ предложило ему Рыбинск — он не имел ясного представления и считал ВЦУ законным, и потому в сентябре 1922 сдал дела в Валуйках и перебрался в Рыбинск. Видя смятение умов, занялся подготовкой верующих к Собору, веря, что он внесет успокоение. Присутствовал лишь на первом заседании, которое постановило лишить Патриарха Тихона святительского сана и монашества. Он оставил Собор, сделав официальное заявление о невозможности подписать такое решение — остался на заседании специально для этого. По данному вопросу он разошелся со своей партией еще на предварительном предсоборном совещании — когда отказался от предложения Красницкого подписать постановление о лишении святительского сана и монашества Патриарха Тихона. В совещании епископов по этому вопросу не участвовал — там участвовали только жившие в общежитии, но на предложение подписать его постановление — отказался, за что уволен на покой»[2].
29 ноября того же года Патриархом Тихоном был определён епископом Нижне-Ломовским, викарием Пензенской епархим[2]. Решительно отказался от какого-либо сотрудничества с обновленцами.
8 июня 1927 года был арестован по обвинению в использовании переписи верующих для контрреволюционных
целей. Пребывал до августа 1927 года в Пензенском исправдоме. Затем два года находился в ссылке.
С февраля 1929 года он правящий епископ Саранский.
Годы управления епископа Филиппа были ознаменованы невиданным давлением властей на духовенство и верующих, массовым насильственным закрытием храмов и монастырей. Архиепископ Филипп постоянно находился под надзором «особых органов» власти.
22 июля 1936 года архиепископа Филиппа арестовали, при обыске не было не обнаружено ни одного предмета, подлежащего изъятию, однако, владыке было предъявлено обвинение в совершении преступления, предусмотренного ст.58-10, ч.2 УК РСФСР, мерой пресечения было назначено заключение в Саранскую тюрьму. Однако 20 августа 1936 года дело было прекращено: «Начальник УНКВД по МАССР утвердил постановление, в котором было предписано дело в отношении Перова Николая Ивановича по обвинению его по ст.58-10, ч.2 УК РСФСР „за недостаточностью собранных данных производством прекратить, из-под стражи немедленно освободить“».
27 июля 1938 года арестован в Саранске. 8 октября 1938 года Особым совещанием при НКВД СССР приговорён к 5 годам ссылки в Казахстан. 26 июля 1943 года освобождён[3]. Дальнейшая судьба неизвестна.
Лавринов В. В., прот. Обновленческий раскол в портретах его деятелей. — М.: Общество любителей церковной истории, 2016. — С. 561—562. — 736 с. — (Материалы по истории Церкви. Книга 54). — ISBN 978-5-9906510-7-4.